由中國各民族共同建立並融入部分外來醫藥知識的中國傳統醫學的發展歷史。中國傳統醫學是5 000年中國傳統文化的組成部分，其獨特的理論範式在2 000多年前的秦漢時代就已經確立，在長期的臨證實踐中積累瞭豐富的診療經驗和獨特的治療方法，歷代醫傢在繼承中不斷創新，形成瞭很多學派，並積累瞭近萬種醫藥書籍，建立瞭一系列醫事管理和醫學教育制度。受不同歷史時期的政治、經濟、哲學思想、科學技術的影響以及醫療中對新問題的探索，使中國傳統醫學的發展有著獨特的經歷和內在規律。對中中國傳統醫學發展過程及其規律的研究也形成一門獨立的學科，即中國醫學史。
中國醫學的起源和沿革 人類的醫療保健活動是和生產、生活實踐緊密相聯的。依靠口述史學的有關資料和考古發現，可以知道中國傳統醫學在沒有文字的遠古時期已經發源。
中國是醫藥文化發祥最早的國傢之一。生活在中華大地上的先民們早在170萬年以前，就在生活和勞動中開始瞭醫藥活動。最早的醫藥活動與用火、用石器和采集食物有著密切的關系。考古發掘證實，四五十萬年前的“北京猿人”時代雖然還不能鉆燧取火，但已學會瞭使用天然火。之後在傳說的“燧人氏”時代（約一兩萬年前），發明鉆木取火，從而改變瞭食物結構，使先民們免於進食生冷食物引起腸胃損傷。火還用於取暖和保健，進而創立瞭灸法。又據文獻記載，古代常用砭石作為治療器具。砭石是具有銳利邊緣或突起的打制石器，本是石器時代的生產工具，當它被用來刺激或切開人體某一部位達到治療目的時，人們稱之為砭石。為保證砭刺的安全有效，砭石逐漸向制作精細、形態多樣發展。考古發掘已發現瞭多種古代的醫用砭石，如1963年內蒙古多倫旗頭道窪新石器時代遺址中出土瞭一枚磨制石器，長4.5厘米，兩端分別為半圓形刃和錐形，可用於切開或針刺。砭石用於治療，一般被視為是中醫針刺療法工具和外科手術工具的起源。此後隨著生產力的發展，砭石逐漸被骨針、竹針、陶針等取代，最後被金屬制成的針具或刀具取代。1968年河北滿城西漢劉勝墓出土瞭九針，其中四根金針，五根銀針，系《靈樞》所論述之九針。1978年內蒙古達拉特旗樹林臺公社首次發現戰國至西漢時期的青銅針。金屬針具促進瞭針刺療法和外科的發展。傳說中的神農氏時期已經進入農耕時代，距今約有5 000餘年。傳說神農親自品嘗植物和水泉，以尋求安全的飲水食物，並在此過程中認識瞭某些藥物，此謂“神農嘗百草，始有醫藥”和“藥食同源”。
氏族社會早期的巫既掌管祭祀、卜祝，也從事醫療保健，歷史學傢稱此為巫醫時代。此後巫與醫分工而進入醫學時代。歷史上，夏代、商代和西周是巫醫時代，春秋戰國時期巫、醫分立，由醫師負責醫療保健。這個從巫到醫的歷程，在史料中已有所記載。中國傳統醫學的最早文字資料可見於甲骨卜辭。甲骨文是刻在龜甲獸骨上的文字。今存的甲骨卜辭記載瞭殷代武丁時期的許多醫學知識和醫學活動。甲骨文中，殷人對人體表面構造的認識已比較具體，並記有20餘種疾病的名稱，以及關於生育、夢的內容。有病求神占卜，是當時常見的現象。這一時期，巫師掌握著奉祀天地鬼神以及為人祈福禳災的大權，因而此時的巫和醫是一體的。巫用以治療疾病的主要方式是禱祝，但有的巫也采用藥物或其他方法治病。《山海經》中就記有十巫采藥的故事。巫彭、巫咸的名字也見於甲骨文記載，被視為當時的名醫。隨著社會的發展和醫療經驗的積累，人們對自然和疾病有瞭較多的認識，巫醫的勢力逐漸減弱。在春秋戰國時期，已出現瞭不少真正的職業醫生，如醫和、醫緩、扁鵲等，他們的醫學見解和治療活動已見於史書記載。《詩經》、《山海經》、《尚書》、《周易》等古典著作中，已散在地記載瞭當時有關疾病、病因、藥物及其他療法的知識。《周禮》中已將“巫祝”、“醫師”分開，宮廷有瞭初步的醫事管理制度，醫學分工已初步形成。
先秦時期的衛生保健也有較大的發展，尤其是公共衛生工程。在殷墟遺址和鄭州商代遺址的考古發掘中，均發現用以排除積水的地下陶水管。齊國的故城臨淄（今屬山東）探明有縱橫十條交通幹道，均備有完整的排水系統，設計精巧、規模宏大。河南登封發掘的戰國陽城遺址中，發現一套陶水管道設施，其結構類似現代城市的自來水系統。先秦的文獻中還記載有水源的選擇、井水的防污染及清潔措施、室內除蟲滅鼠、室外除草清掃以及驅逐狂犬以防狂犬病等衛生知識。在個人衛生方面提倡養成洗臉、洗手、洗足及沐浴的習慣，並認識到沐浴對治療的意義。出土的殷代文物中已有壺、盂、勺、陶槎、頭梳等全套盥洗用具。註意飲食衛生，提倡良好的進食習慣被作為養生的重要方面之一。此外，調節情緒，謹慎起居，運動身體（導引、按摩等）也被作為預防疾病的重要手段。
中醫學理論體系的建立及其發展 春秋戰國時期，中醫對人體的解剖、病因病理、疾病的診治等方面的認識已有長足的發展。現存最早的醫書中已經將經脈系統化（見馬王堆漢墓醫書），為藥物和針灸等外治法積累瞭一定的經驗。戰國時期諸子蜂起，形成百傢爭鳴的局面，各種流派的哲學思想十分活躍，為醫學傢建立理論體系提供瞭思想武器，一系列醫學理論著作應運而生。《內經》、《難經》是此類著作的僅存者。它們不僅記錄瞭先秦以來的醫療實踐經驗，而且引進瞭哲學中的氣、陰陽、五行等概念和天人相應等觀點，用以貫穿多方面的醫學知識，成為整合理論的間架，又作為醫學的方法論形成瞭中醫學理論體系。哲學思想和醫療實踐的結合也構成瞭中醫學的特色，這一體系的哲學理論高度明顯地超越瞭當時的臨床實踐水平，因而此後它充分地在理論上指導著中醫臨床醫學的實踐和發展。
現代出土的馬王堆漢墓醫書、武威漢代醫簡以及散見於史書中的材料表明，戰國末期至秦漢，臨證經驗大量積累並逐漸形成辨證論治的某些原則。東漢末張仲景的《傷寒雜病論》是中醫臨證醫學的裡程碑，它反映瞭辨證論治原則已然確立，標志著臨證醫學發展到一個新階段。與此同時，藥物學也因《神農本草經》的問世而得以確立。本草即中國傳統藥物學，因植物藥使用較多而得名。先秦時期的藥物知識散見於各種文獻，醫方書（如《五十二病方》）中也間或記載藥物形態。漢代的《神農本草經》總結瞭秦漢以前的藥物理論和經驗，托名傳說中的醫藥始祖神農撰，成為中國本草發展的基礎。此後以該書為內核進行補訂，形成瞭中醫本草的主脈。本草和醫方有著密切的聯系。醫方是藥物治病的具體表現形式，包括有現稱方劑的內容，古有伊尹創制湯液（早期醫方的一種稱謂）的傳說。現存最早的方書是馬王堆漢墓的《五十二病方》，多數醫方為經驗實錄，無方名。《漢書·藝文志》已載錄方書11傢，274卷。《內經》中已提到君臣佐使和七方（大、小、緩、急、奇、偶、復）的組方原則，但現知直到《傷寒雜病論》，方劑的組成和運用才與辨證立法緊密結合起來。醫療實踐是不斷產生新方劑的主要源泉。
在秦漢時代，既有《內經》、《難經》的醫學理論和其中的診法、治法治則、針灸等，又有系統闡述辨證論治的《傷寒雜病論》，在藥物學方面有《神農本草經》，而在制方方面已經有多種方書。這些原創性的著作被後世稱為醫學之經典，也以其理、法、方、藥的完備標志中醫學理論體系的奠定。
從晉代以降，中醫學在每一個歷史時期都有所創新和發展。又因各時期的文化發展和哲學理念不同，各時期的醫學理論和取向也深受其影響而有所差異。在兩晉、南北朝、隋唐時代，玄學和佛學等沖擊瞭漢代經學，同時又引進瞭印度醫學，此時醫學脫離瞭經學的束縛，臨床各學科充分發展，尤其是外科手術發展很快，士人尚醫尊生而重視方書，可稱為方書的時代，如晉代葛洪《肘後方》、南北朝陳延之《小品方》等多種醫方書，記載瞭大量民間經驗方，在治療范圍和所用藥物方面超過瞭《傷寒雜病論》所載。臨床各科的醫方專著也不斷增多。唐代的《千金要方》、《千金翼方》、《外臺秘要》等大型醫方書，廣泛收集各類醫方，按專科或疾病等類編排。此時期佛道醫學與經典醫學相雜糅，並形成瞭佛教醫學體系和道教醫學體系。兩宋及金元時期是中醫學發展的轉承時期，除繼承前代醫學外，在宋代理學辨疑和重視理論學風的影響下，醫傢銳意革新，自立門戶，即所謂“儒之門戶分於宋，醫之門戶分於金元”，宋代重視醫學成果的整理出版，是一個醫學文獻繁榮的時代。明清兩代，是中醫學發展的繼興時期。中國歷代瘟疫殊多，給國傢、民族帶來災害，但也提供瞭實踐機會，鍛煉瞭醫生，漢代張仲景在治外感熱病實踐中創立瞭六經辨證，而明清兩代吳又可、葉天士、吳鞠通等人，在治療熱病中開創瞭溫病學。明代趙獻可、孫一奎、張景嶽等據太極圖的思路創立瞭各自的命門學說。清代醫學傢受樸學的影響在註疏經典和校勘醫籍方面都取得瞭新的成就。20世紀中葉以後，中醫以振興為務，以推進現代化為目標，冀望取得新的突破和發展。
在中醫學理論體系中，由於學術主旨不同以及學說、觀點之異，其學術隊伍中形成一批有較大影響的學派。一般來說，一個學派的形成應具備三項條件：一是有一個或幾個有影響、有威望的學術帶頭人，即宗師；二是有一部或數部反映這派觀點的傳世之作，並保持該學派的研究方法和學術風格；三是有一大批跟隨宗師的弟子，他們本身也必須具有一定的學術水平。
中醫學派的形成，是一個“步踵前賢，濯古來新”、由積累而創新、創新後經過繼承而弘揚的過程。在春秋戰國時代，隨著醫療技術的發明推廣，先後有用針、用方藥和重切脈的三大派別，此三派也是中醫學初創時三個歷程的賅括，稱之為“三世醫”，即分別為《黃帝內經》、《神農本草》、《素女脈訣》為標志。近代醫學傢謝利恒曾指出：“三世醫，此蓋中醫學最古之派別也。”把三派宗師定為黃帝、神農和素女，系崇本溯源而言大道之義。到西漢時代，針灸和切脈兩傢融合為醫經學派，重視藥物和方劑者稱為經方學派。另有稱為房中、神仙的派別也與醫學交叉或聯系。《漢書·藝文志》記載，當時有醫經七傢、經方十一傢。醫經七傢中，隻有《黃帝內經》傳續於世，以其經典價值成為中醫學理論的基礎。經方學派從先秦《五十二病方》，經魏晉諸方書，唐代《千金》、《外臺》，宋代三大方書（《太平聖惠方》、《和劑局方》、《濟生方》），至明代《普濟方》之類，代有薪傳發揮至今。漢末張仲景著《傷寒論》一書，後世應引者雲集，成為一大學派。宋代科技發達，學風丕變，儒傢喚起突破經學定於一尊的意識，有門戶之分，醫學也崇尚創新和爭鳴。在著名的金元四大傢中，形成以劉完素為首闡發火熱病機的河間學派；以張元素為肇始，研究臟腑病機及辨證的易水學派。河間學派代表著作有：《素問玄機原病式》、《宣明論方》等，學派傳人有張從正、朱丹溪等人。易水學派代表著作有張元素《醫學啟源》、《珍珠囊》，李東垣著《脾胃論》、《蘭室秘藏》等，傳人中尚有王好古、羅天益等名傢。明清之季，治療溫病積累瞭豐富的經驗，在病因上從熱立論，創立瞭衛氣營血及三焦辨證法，葉天士著《溫熱論》、吳鞠通著《溫病條辨》、王孟英著《溫熱經緯》等，這一批醫學傢確立瞭溫病學派。清末民初，西醫學傳入中國以後，有一批醫學傢如王宏翰、朱沛文、唐宗海、惲鐵樵、陸淵雷、張錫純、楊則民等，主張中西醫學匯聚而溝通之，衍成匯通學派，該派雖然歷史較短，但提倡取長補短，在一個時期內辦刊興學，起到傳承中醫的作用，其餘緒成為中西醫結合的先導。
各大學派尚有分支及流延於一定歷史時期、一定地域的學派，派中有派，如傷寒學派中，據原創問題有錯簡重訂派與維護舊論派，據對全書的把握有依方分類、依法分類的不同派別。河間學派在新安江流域又演為新安學派。易水學派中的“溫補四傢”，在明代卓立為溫補學派。在溫病學派中，又分為吳又可、餘師愚、戴北山的溫疫派；葉天士、吳鞠通的溫熱派；薛雪、王孟英的濕熱派等。溫病支派在江蘇，“南推孟河，北數山陽”；在浙西又有繼承葉天士的烏鎮學派等。
中醫學派在初創時期，各派都曾起到學科帶頭的作用。各派間每有學說的對立和爭鳴，但學術互補是其主流，並不互相排拒。大致以金元時期為分水嶺，前期以學術主旨界分學派，學派發展為學科；金元以後以學說觀點立派，各學派的理論兼及諸多學科。學派推動瞭中醫學科和理論的發展，學派之間此起彼伏、互相吸收滲透，在領異撥新中，形成祖國醫學繼往開來的“長河”。
醫事管理及教研活動 中醫學自古就是一個成熟完備的醫療保健體系。在醫療方面有宮廷醫療保健機構、醫院、醫藥慈善機構以及相應的醫療行政管理體制；系統的醫學教育開世界之先河；醫書校勘和出版機構歷史悠久；民間醫學學術團體的成立也為世界之先。
宮廷醫療保健機構 為管理替皇傢醫療保健服務的醫務人員而設。《周禮·天官》分醫為四科（食醫、疾醫、瘍醫、獸醫），其中食醫專門負責皇帝的飲食。歷代宮廷的醫療保健均由太醫負責。直接給皇帝看病的醫生又常稱侍醫或禦醫。太醫隸屬於太醫局。圍繞著帝王的醫療，又設立瞭尚藥局（或禦藥院）等藥物采辦調劑機構，分工嚴密，各負其責，如隋代尚藥局每季由太常官檢查藥物，儲新換陳，專設禦藥庫儲存皇帝常備藥物。宮廷用藥除必要的采辦之外，還接受各地方政府及各國的貢獻，由專人檢驗收貯。此外，在北齊、隋、唐、元、明等朝代，還有專為皇太子服務的藥藏局和典醫監。
醫院和醫藥慈善機構 古代醫生看病，多在自己的診所或應請上門治病。將病人集中在一處予以治療，這種私人醫院的形式並不普遍。然而以官方或佛教等名義舉辦的一些慈善機構，實際上具有醫院的作用。漢代元始二年（公元2年），政府下令利用空閑房屋，收容疫病患者集中治療，已具醫院雛形。北魏時專設病坊救治老年痼疾，又派太醫署的醫師在固定的館驛治療病人，根據其療效以定賞罰。南朝蕭齊時代設有六疾館，收治各種傳染病人。佛教徒為弘揚佛法，也常設立病坊，收容為社會所遺棄的癘疾（麻風）患者，由醫僧調治。唐代政府派專人管理京城長安的病坊，有悲田院（兼收乞丐）、福田院（專收麻風患者）諸名，多帶佛教色彩。還有專為官員、僧人、囚犯而設的病院。與其他醫藥機構一樣，宋代的醫院更是名目繁多，如福田院、安濟坊、將理院、廣惠坊、養濟院、安養院、安樂坊、保壽粹和館、軍醫院、病囚院等，其中有官辦的、也有私人辦的，收治如麻風病人、傳染病人、孤老、僧侶、軍人、囚犯等。元代設置廣惠司，掌管回回藥物院，聘用阿拉伯醫生配制藥物，既為宮廷服務，又為在京的兵、民治病。明代的安濟坊、養濟院的設置更為普遍，這些具有慈善事業性質的醫院對防止傳染病擴散等具有一定的積極作用。私人開辦的醫院，最早的當推南北朝的李亮，他在傢中的廳堂裡收容病人。此後宋代醫傢龐安時等也都興辦過病坊。直至清代，私人捐贈開辦的醫院（普濟堂）才有瞭較大的發展，已經具有近代醫院的規模、制度。
全國醫藥行政管理機關 這種機關在《周禮·天官》中已有記載。當時設有醫師一職，負責掌醫之政令，聚集藥物以供醫療之需。醫師之下又有士（負責醫療的醫生）、府（藥物、器械及財務管理人員）、史（文書和病歷管理人員）、徒（各種差役及看護人員）四類。醫士接待社會上各種患者，分科診治，建立病歷。年終根據治愈率來決定他們的級別和俸祿。秦代這種醫師的職責由太醫令、丞掌管，他們除管理宮廷侍醫之外，也負責國傢醫藥政令。太醫令的名稱、職責後世續有變遷，至隋唐時，形成瞭太醫署和尚藥局兩大機構。尚藥局系宮廷的禦藥房，太醫署則管理宮廷及王公大臣的醫療事務，兼管醫學教育，成為全國醫藥行政及醫學教育的最高行政機構。這一機構在宋代又分為翰林醫官院和太醫局，翰林醫官院掌供奉醫藥及承詔視療眾疾，太醫局則專門負責醫學教育。但元明以後，由太醫院行使全國醫藥行政及醫學教育等職責。
官方的醫學教育機構與醫學分科 據記載，晉代已有“助教部”培養醫傢子弟（《唐六典》）。南北朝時期設置“醫學”，北魏有太醫博士及太醫助教之職。隋唐兩代的太醫署才真正稱得上制度較健全、分科及分工明確的醫學教育機構。太醫署分醫學、藥學兩部，醫學又分四科。各科教職員工配備齊整。為配合藥學教學，專門辟有藥園。地方醫學校也在唐代開始設立。這一醫學教育機構的管理辦法在後世得到部分繼承和某些改進。宋代改太醫署為太醫局，專管醫學教育，教員從翰林醫官院或尚藥局遴選。宋太醫局設九科（後又或增或減）授徒，其規模制度較唐太醫署更為全備。同時在地方上也開始興辦醫學校。元代改太醫局為太醫院，分十三科，另設醫學選舉司掌管教育，地方也仿宋制設醫學校。明清以後略同，但其成效卻每況愈下。醫學校中均制定瞭考核制度。唐太醫署每年均有月考、季考和年考，不同考試由不同級別的教授和官員主持。
醫學校分科制度可溯源於《周禮·天官》所載，但醫學教育部門明確分科，則始於隋唐。最初的分科是粗線條的，以後逐漸分化。總的趨勢是隨著學術的發展，醫學分科愈來愈細。醫學的進步也淘汰瞭一些科目（如清代已不設祝由科）。醫學分科和各朝代的社會背景有一定的關系，如元代新設“正骨兼金鏃科”，這與元代蒙古族馬上征戰頻繁、對骨傷科和外科的需要迫切有關。清代道光以後取消瞭針灸科，是因為統治階級認為“針刺火灸，究非奉君之所宜”，以針灸不適於治療帝王而停辦這一分支學科。醫學的分科從一個側面反映瞭中醫學發展的趨勢。各朝醫學校采用的教材大同小異，共同的特點是重視經典著作學習。以宋代為例，《素問》、《難經》、《諸病源候論》、《嘉祐補註本草》是各科必修基礎教材，然後再根據各科特點選修其他教材，如方脈科（內科）要攻《脈經》、《傷寒論》等。
民間的醫學教育 除官辦醫學之外，中國傳統醫學的教育主要依靠師帶徒、傢傳、民辦醫校或自學等形式。史書記載，扁鵲學醫於長桑君，淳於意先後師事公孫光及公乘陽慶，南北朝的徐之才世醫出身、八代為醫。歷史上世代為醫的現象屢見不鮮。民間辦醫學校在中國並不多見。雖然有的醫傢門徒甚多（如宋龐安時授徒60餘人），但很難說是通過自辦學校培養的。明末清初名醫張志聰建立侶山堂，招同道、弟子論醫講學。這是仿儒傢的書院形式，可以說是一種民間醫校。與官辦醫校不同的是，民間師帶徒大多註重臨床實踐，在隨師臨診中學習。他們運用自己的實際經驗和理論探討促進瞭中國傳統醫學的發展。
醫書校勘出版機構 隋、唐、五代都有由政府下令組織編撰醫藥書的情況，但卻沒有專門機構從事校勘出版工作。北宋嘉祐二年(1057)，在編修院置校正醫書局，選派具有編書經驗的儒官和有醫療經驗的醫官共同從事醫書校正。宋代校正醫書局主要儒臣有掌禹錫、林億、蘇頌、高保衡、張洞等，醫官有秦宗古、朱有章等。儒、醫合作校修醫書，保證瞭文字和內容的正確性。該局成立後，先後完成瞭11種經典醫著的校修。宋以後無類似的機構。
民間醫學團體 古代唯一的一個民間醫學團體是建立於明隆慶年間的一體堂宅仁醫會。該會由醫學傢徐春甫等46人組成，均為當時住在京師（今北京）的醫傢。該會創立的宗旨是探究醫理，講習方術，精益求精，克己行仁，深戒徇私謀利之弊，助善規過，患難相濟。對會員的要求分22項（如誠意、明理、格致、審證、力學、辨脈、處方、忘利、自重、戒貪鄙、恤貧……），註重提高會員的醫術水平和醫德修養。
綜上所述，中國傳統醫學在5 000年中，以其獨特的理論體系、篤實而有效的實踐、配套而有序的醫事管理和系統的醫學教育佇立於世界醫學之林，在古代取得瞭卓越的成就，世界諸傳統醫學均遭湮沒而中醫學獨能不斷發展，堪為科學史上的奇跡。在今天，運用醫史學理論和方法對中醫學發展經驗和規律加以深入探討，必將對整個世界醫學的發展提供歷史的借鑒。