7世紀中葉伊斯蘭教開始由阿拉伯傳入中國，經長期發展和演變形成具有中國特色的伊斯蘭教。唐、宋、元三代是伊斯蘭教在中國傳播的主要時期，中國先後有回、維吾爾、哈薩克、烏孜別克、柯爾克孜、塔吉克、塔塔爾、東鄉、撒拉、保安10個少數民族信奉伊斯蘭教。據2000年全國人口普查統計，中國大陸10個穆斯林民族的總人口計2 031．959 0萬人。散居全國各地，主要聚居於西北的新疆、寧夏、甘肅、青海以及陝西、河南、河北、雲南、山東、山西、安徽、北京等省市的部分地區。在臺灣、、港澳地區亦有穆斯林。聚居區形成以清真寺為中心的穆斯林社區網絡。中國穆斯林絕大多數屬遜尼派，遵行哈乃斐學派教法；新疆極少數為什葉派的伊斯瑪儀派。蘇非主義各學派在西北地區有廣泛影響。
一般認為，唐永徽二年(651)伊斯蘭教傳入中國內地。
唐宋時期 從唐永徽二年(651)到南宋末年的600餘年間，是伊斯蘭教在中國內地早期傳播時期。陸上“絲綢之路”和海上“香料之路”兩條通道的開通，使大食使節和“貢使”不斷前來中國，據《舊唐書》載，651～798年間阿拉伯使節來唐達39次之多。大批商賈來華後，多居東南沿海及內地長安、開封等地，置田宅，住唐不歸。中國人稱他們為“蕃客”、“蕃商”和“胡賈”等。至唐末黃巢攻占廣州時，居住此地的阿拉伯人、波斯人、猶太人和基督教徒已達12萬多人。宋時，來華的阿拉伯、波斯人劇增。中國地方當局設“蕃坊”於廣州、泉州等地，並允許他們和漢人通婚，繁衍後代。史稱“土生蕃客”和“五世蕃客”。大食國穆斯林商人在中國寓居或定居，把伊斯蘭教傳入中國。在“蕃坊”中，中國當局任命“蕃長”管理宗教事務和商事活動。蕃客“皆以《古蘭經》、聖訓及伊斯蘭教習慣行事”。並先後建起廣州懷聖寺、泉州清凈寺、揚州仙鶴寺、杭州真教寺等。這時的伊斯蘭教還隻局限於來華的“僑民”中。廣大漢族人對其相當陌生，如唐人杜環《經行記》稱伊斯蘭教為“大食法”、宋人趙汝適的《諸蕃志》稱“大食教度”。唐宋時期來華的穆斯林由僑民而演變為“土生蕃客”，成為中國穆斯林的先民。
元代至明代前期 伊斯蘭教在中國內地廣泛傳播和全面發展的重要時期。13世紀，蒙古帝國3次西征，大批中亞各族人、波斯人、阿拉伯人被簽發東來，編為“探馬赤軍”，分駐西北的陜西、甘肅、青海以及西南、江南和中原各地。故有“元時回回遍天下”之稱。因他們與唐宋時期寓居中國的大食、波斯人的後裔都是穆斯林，故被稱為“回回”或“木速蠻”，成為元代色目人中的重要成分。東來的回回人入居元朝後，“樂居中土，皆以中原為傢”，“不復回首故國也”。他們在居住區修建清真寺。元代的詔令、典章等文獻中，稱禮拜寺為密昔吉或俗稱回回寺；稱掌教為“答失蠻”或稱回回掌教、回回大師；把伊斯蘭教法稱之為“回回法”、“回回傢體例”，等等。從元末明初起，回回穆斯林遍及全國，他們的宗教信仰和風俗習慣被人們廣泛註意，故把伊斯蘭教稱為“回回教”、“回回教門”，一直沿襲到近現代。另外，還有相當數量的漢、蒙古和維吾爾人改信伊斯蘭教，成為回回穆斯林。這一時期，也是各種不同來源的回回人形成一個民族的時期。共同的伊斯蘭教信仰和三掌教制管理下的教坊組織使回回穆斯林結成一個個群體或社團。社團穆斯林在軍事、政治、經濟、文化領域都有重要地位和影響。元代統治者對伊斯蘭教持寬容態度，設立“回回國子學”，建立管理伊斯蘭教事務的“回回掌教哈的所”。穆斯林普遍興建禮拜寺。伊斯蘭教成為與佛、道教並駕齊驅的“清教”與“真教”。明代對穆斯林實行懷柔政策，任用穆斯林將領及學者在朝廷擔任軍政要職，頒佈聖旨保護伊斯蘭教，敕建各地清真寺。
明代後期至清代前期 明末清初，隨著回回民族的社會發展，伊斯蘭文化同中國傳統文化相結合，從而形成瞭中國伊斯蘭教的特點。明嘉靖年間(1522～1566)陜西著名經師胡登洲創辦經堂教育，先後出現以馮養吾、張少山為代表的陜西學派，以常志美為代表的山東學派和以馬復初為代表的雲南學派等地方學派。繼經堂教育後，以南京和雲南為中心的漢文譯著伊斯蘭教經籍的活動相繼展開，湧現出王岱輿、劉智、張中、馬註、伍遵契、馬復初、馬聯元等被稱為“中阿兼通”、“學通四教”、“長攻儒者之學”的“回儒”。他們的譯著“悉本尊經”，並使伊斯蘭教義與中國傳統文化有機結合，形成中國伊斯蘭教的教義學思想體系。這一時期，伊斯蘭教蘇非派神秘主義在甘肅、寧夏、青海等地區形成具有中國特點的“門宦”制度。在新疆突厥語各民族中形成依禪派。依禪派的出現和發展，促進瞭崇拜聖徒、聖墓（麻札）的發展，形成瞭新疆地區伊斯蘭教禮儀制度上的一大特色。
伊斯蘭教約於五代、北宋之際傳入天山南北地區。喀喇汗王朝統治者改信伊斯蘭教，使西域地區加快瞭伊斯蘭化的步伐。12世紀中葉，喀喇汗王朝統轄的疆域被契丹人所占據。自13世紀起，伊斯蘭教逐漸遍佈天山南北。15～16世紀，信教人數劇增，區域擴大，成為各突厥民族的主要意識形態。
近代 進入近代後，伊斯蘭教適應歷史發展的要求，在內地和新疆都發生瞭一些新變化。主要表現在：①為反抗清朝的階級壓迫和民族歧視，中國穆斯林同全國人民一起，進行瞭多次反壓迫起義和鬥爭。②清末民初，馬萬福等在西北的甘肅、青海、寧夏地區創立伊赫瓦尼派，後來傳至河南、山東、河北和新疆等地區。至1949年，中國伊斯蘭教內部分為格底目、蘇非主義門宦（包括虎非耶、戛迪林耶、哲赫林耶、庫佈林耶）、西道堂、伊赫瓦尼、賽萊菲耶派以及依禪派。中國穆斯林大都屬於遜尼派的哈乃斐教法學派。分佈在新疆的塔吉克族穆斯林，在15世紀末至16世紀初，已改宗什葉派伊斯瑪儀支派。③清末民初以來，一批穆斯林學者、經師提倡宗教教育改革，實行“經書兩通”，創辦新式學堂。先後建起濟南成達師范學校(1925)、上海伊斯蘭師范學校(1928)、四川萬縣伊斯蘭師范學校(1928)、雲南明德中學(1930)和杭州穆興中學等。20世紀30年代後，在全國各地興辦的各類普通小學達四五百所，普通中學和師范專科學校也有二三十所。為發展伊斯蘭教育和文化，中國穆斯林的宗教教育及文化社團組織也陸續建立。最早為清末鎮江童琮發起成立的“東亞清真教育總會”和留日回族學生組織的“留東清真教育會”。1912年王寬和馬鄰翼在北京發起組織的“中國回教俱進會”，其支部遍及全國許多省、縣。其後，伊斯蘭教各種社會團體和學術文化機構日漸增多，學術活動廣泛開展。各地創辦瞭許多刊物，並先後抽譯、選譯和全譯出版《古蘭經》及其他典籍的漢語譯本和維吾爾文譯本，形成瞭繼明末清初以來中國伊斯蘭學術文化研究的新高潮，湧現出一批對《古蘭經》學、聖訓學、教法學和伊斯蘭哲學研究造詣精湛的學者、經師。
現當代 1949年中華人民共和國建立後，中國各民族穆斯林在政治上獲得平等權利。穆斯林的宗教信仰、宗教活動和風俗習慣受到法律保護和尊重。1953年成立中國伊斯蘭教協會後，創辦《中國穆斯林》雜志，印行《古蘭經》、聖訓、教法等多種伊斯蘭教典籍。1955年在北京創辦瞭中國伊斯蘭教經學院，培養有科技文化知識的阿訇和毛拉。20世紀80年代後，相繼在新疆、寧夏、昆明、蘭州、鄭州、青海、沈陽和北京等省（區）市建有地區性經學院8所。據統計，全國有大小清真寺約37 000多座，阿訇、毛拉等教職人員約計4萬餘人。經過社會改革和落實宗教信仰自由政策，伊斯蘭教在中國同其他宗教一樣，與社會主義社會建立瞭相協調的關系。隨著中國改革開放的深入發展，各族穆斯林地區社會穩定，經濟不斷發展。宗教活動自由，國際國內伊斯蘭教學術交流日益頻繁，增進瞭國內外穆斯林之間的瞭解和友誼。