中國醫學科學的高級綜合學術機構。簡稱醫科院。前身為原中央衛生研究院。原南京的中央衛生實驗院的大部分研究單位於1950年與中央衛生實驗院北京分院合併，同年10月改建為中央衛生研究院。1954年全院共有8個研究單位（其中6個在北京，南京有一所分院、海南島有一個研究站）。1956年8月經衛生部正式命名為中國醫學科學院，1957年國務院決定將中國協和醫學院併入中國醫學科學院。其後協和醫學院停辦2次，又複校2次（11979年復校後改名中國首都醫科大學，1985年又改為中國協和醫科大學）。1983年5月中國首都醫科大學與中國醫學科學院組成一個統一體。1983年原屬中國醫學科學院的5個研究所劃出，與衛生部直屬的工業衛生實驗所組成中國預防醫學科學院。
醫科院現有18個研究所，研究范圍包括基礎醫學、臨床醫學、腫瘤、心血管疾病、血液學、皮膚病、整形外科、微循環、藥物、醫藥生物技術、藥用資源開發、輸血、放射醫學、生物醫學工程、實驗動物、醫學情報等各個方面。此外，它還有6個附屬醫院，有5個分院。