根據有害生物種群動態和有關環境條件，協調運用各種適當防治技術的植物保護措施體系。目的是將有害生物種群數量經常控制在經濟損失允許的水準以下，同時避免或力求減少對人類健康和有益生物的為害，以取得最大經濟效益和生態效益。防治的物件最初是針對一個地區一種作物上的各種主要害蟲，現代綜合防治範圍已擴大到所有為害作物的主要生物，包括害蟲和各種植物病原，稱為有害生物綜合防治，有些國傢稱為有害生物綜合治理。
綜合防治概念的發展 第二次世界大戰前，對有害生物的防治方法，主要是傳統的農業防治、以引進外來天敵為主的生物防治、施用無機化合物和植物性農藥的化學防治以及物理機械防治等。防治對象單一化，也極少考慮不同措施的相互影響。20世紀40年代，廣譜性的合成有機氯農藥如滴滴涕、六六六等問世；隨後，有機磷農藥也相繼出現。由於它們高效、低廉，使用簡便而得到廣泛應用，化學防治興盛一時，其他防治方法則被忽視。但化學農藥的大量、連續施用導致害蟲產生抗藥性，天敵生物被殺傷，使原有的害蟲再猖獗，次要害蟲上升為主要害蟲，環境質量和人畜安全都受到威脅，防治成本也隨之提高。人們因而逐漸認識到依靠單一的防治方法不僅不可能長期而滿意地解決蟲害問題，還會帶來許多不良副作用。在這種背景下，農業昆蟲學工作者提出瞭綜合防治的概念。起初的含義僅限於化學防治與生物防治的協調，或認為隻是天敵與農藥協調乃至相輔相成的害蟲防治體系。隨著生態學理論的發展並滲透到綜合防治有害生物的設想之中，加之性外激素、不育法、天敵微生物等新的防治手段的出現，綜合防治措施的內容逐步擴大。美國P.W.賈壽等在1961年提出瞭有害生物綜合治理的新概念，即評價選用所有可用的方法，將其綜合成一個完整的系統，以控制有害生物種群數量，避免總的經濟損失，並將其對環境的不良影響減少到最低限度。1966年，他又應用生態學原理，提出將有害生物發生數量控制在可允許的經濟損失水平以下的意見，使綜合防治的要求具體化。此後，關於綜合防治的研究論述大量湧現，內容也不斷豐富。綜合防治的對象也從害蟲擴展到病害、雜草及其他為害作物的生物。70年代以來，綜合防治已日益廣泛地成為有害生物防治的指導原則。
綜合防治的策略要點 綜合防治面向農業生態系的生物與非生物的復雜組成，不僅考慮有害生物本身，還要考慮與之相關的其他生物與非生物因素；所采取的防治措施不僅要考慮其防治效果，還必須考慮其可能產生的不良副作用，以及與其他措施間的相互協調。因此，它同過去單一性的防治方法有根本的區別。現代綜合防治的策略要點為：①生態學的觀點。把有害生物與其所處的空間環境看成一個整體，彼此間通過物質代謝和能量循環而存在著相互制約、相互依賴的關系，改變其間某一組成部分即可引起其他組分的相應變動。根據這種觀點，綜合防治考慮選用適當的措施，以便利用不同生態因素之間的相互作用及其對有害生物發生消長的綜合影響，加強或創造對有害生物的不利因素（如造成自然死亡因素，包括氣候、食料、自然天敵及抗性品種等），避免或減少對有害生物有利的因素，同時防止產生不利於人類的生態後果。②綜合的觀點。不僅指有害生物對象的綜合，還包括各種防治措施的綜合運用。即面向一地一種作物上的主要有害生物，根據各種防治方法的優點和局限性，選用各種適當的措施，力求避免或減少相互抵消或削弱防治效果。但也不排斥能較圓滿地解決問題的單一措施。③環境保護的觀點。在保證作物不受有害生物危害的同時，防治措施應力求避免或減少污染環境，確保良好的環境質量。④經濟效益的觀點。防治目的，除災害性的植物檢疫對象外，並不要求消滅全部有害生物，而是將其發生的數量控制在足以造成經濟損失的水平之下。為此，必須根據有害生物的發生數量、作物本身的經濟價值和抵抗或補償能力、天敵的控制效應，以及有害生物對作物產量所造成的損失等，制定科學的經濟閾值（或防治指標）作為防治決策的依據。此外選用的措施應盡可能兼治多種有害生物，並為提高防治的預見性而做好預測預報工作，從多方面考慮減少成本，增加經濟效益。
防治技術的運用 隨著有關學科的發展，有害生物綜合防治的各種技術手段，包括植物檢疫、農業防治、生物防治、化學防治、物理機械防治等都在繼續完善；特別是抗性遺傳種質的利用和多抗品種的育成、天敵生物的利用以及新農藥的研制和農藥使用技術的改進等方面的研究進展更快。此外，不育防治、激素的利用等防治技術也有不同程度的提高，從而進一步擴大瞭綜合治理技術的選用范圍。按各種防治技術的性質和作用可分為起預防作用的和起撲滅除治作用的兩大類。前者如農業防治、自然天敵的保護和利用，以及有利氣候因素的利用等；後者如化學防治、天敵微生物的利用、寄生性和捕食性天敵的人工繁殖釋放等。綜合防治首先盡可能選用起預防作用的防治措施；但由於農業生態系本身的復雜性以及社會經濟因素多方面的影響，僅此常難以將有害生物種群數量經常控制在造成經濟損失的水平以下，因此還需同另一類防治技術協調運用。實踐證明，協調生物防治和化學防治，因時因地制宜地合理運用抗病抗蟲品種和耕作栽培措施，可以收到較好的防治效果。
方案的制定 一個地區農業生態系的特點和綜合防治的策略原則是制定方案的基礎。方案一般包括：①根據當地主要作物田間生物群落的組成和有害生物的種類，確定主要防治對象以及保護和利用的重要天敵類群；②根據不同防治對象的主要生物學特性、環境因素對其發生、消長的影響及其與作物的物候關系，明確有害生物種群數量的變動規律和防治的有利措施和時機；③根據不同防治對象與寄主作物、天敵生物的相互關系，以及有害生物種群密度與危害損失程度的關系，確定科學的經濟閾值（或防治指標）；④在進行防治方法試驗的基礎上，協調制定系統的綜合措施，再通過試驗、示范驗證後推廣。
現狀和發展趨勢 中國在原來施用化學農藥特多的稻區和棉區推行綜合防治，不僅效果顯著，而且節省瞭大量農藥，降低瞭防治成本，改善瞭環境質量。但綜合防治的對象大多還限於單一的蟲害或病害；面向一個地區一種作物的主要蟲害和病害還屬少數，全面考慮研究一種作物所有的主要有害生物更屬罕見。在防治技術上，對性外激素、不育防治技術等較新技術措施的研究利用還有待加強；對不同防治措施之間的協調應用，以及不同生態因素之間相互作用的研究也還不夠。現在許多國傢正在註意對經濟閾值的研究和制定。同時，由於綜合防治是一個系統工程，將需要更多地運用農業生態系統的理論，開展多學科領域間的協作，並更好地應用電子計算機和系統分析技術，以促使綜合防治技術體系的進一步發展。