研究傢畜疾病發生的原因及其與環境條件相互關係的學科。隨著研究的深入，有些病因早已形成獨立的學科如微生物學、寄生蟲學和毒理學等。以後微生物學又分為細菌學、真菌學、病毒學、黴形體學(支原體學)等；寄生蟲學又分為蠕蟲學、吸蟲學、蜘蛛昆蟲學、原生動物學等。由於獸醫學發展的需要，獸醫微生物學、獸醫寄生蟲學、獸醫毒理學以及更為細分的獸醫細菌學、獸醫病毒學和獸醫原生動物學等也相繼形成。研究傢畜病因學可以為認識傢畜疾病的發生、發展和尋求有效的治療方法提供科學依據。
疾病的原因大致可分為兩類。
遺傳因素 表現為染色體的核型異常、易位、增多，或出現致死因子、半致死因子等，由此而引起的疾病統稱遺傳性疾病。如鸚鵡嘴的初生牛犢就是由於染色體上存在致死因子；犬的血友病和一些動物的隱睪癥都已證明為伴性隱性基因的遺傳性疾病；長腿吉利犬和有些矮種犬則屬於半顯性基因的遺傳性疾病。至於雪貂所患的無黑色素病，已確定是一種常染色體隱性遺傳性綜合癥，特點為皮膚、眼睛和毛發色素減少，眼畏光。
環境因素 由此而引起的疾病統稱獲得性疾病；在母體子宮內形成的則稱先天性疾病。致病因素大致有6類：①物理因素。如機械力可造成創傷、骨折、脫臼；高溫可造成燒傷、中暑；低溫可造成凍傷、全身過冷；大氣壓的改變可使進入海拔1800～2000米以上地區的牛發生高山病；電流可造成電擊傷，電離輻射可造成放射病等。②化學因素。如強酸、強堿可引起腐蝕，工業污染、農藥和毒草會使傢畜中毒等。③生物因素。是最重要的一類病因，如病原微生物和寄生蟲可導致各種傳染病和寄生蟲病等。④營養物質缺乏。除由於飼料斷絕而造成的饑餓和餓死外，某項營養元素缺乏，如鈣、磷和維生素D缺乏或失調可造成幼畜的佝僂病、成年動物的骨質疏松癥和乳牛的產後癱瘓，硒不足可造成羊白肌病和孕牛流產等。⑤光敏因素。有的來自三葉草和蕎麥等植物，有的來自吩噻嗪等藥物。在光的致敏下，前者可引起皮炎，後者可引起眼炎。葉綠素經瘤胃細菌的作用，可形成藻紅素，在肝臟受到損害的情況下進入外周循環，會導致皮膚損害。⑥過敏源。多半是具有抗原或半抗原性質的植物源或動物源蛋白質。它們第一次進入某種動物時並無致病作用，但可使該動物對該物質處於戒備即過敏狀態，故稱過敏源。這種過敏狀態稱過敏性，變態反應就是過敏性的一種表現形式。如外源性變態反應性肺炎，就是在幹草孢菌（Microspora faeni）和普通嗜熱放線菌(Thermoactinomyces vulgaris)等的孢子致敏基礎上發生的，見於牛（曾稱農民肺、再生草熱）和馬（氣喘病）及人（曾稱農民肺、塵肺病）。
病因需要有一定的條件才能造成疾病發生。這種條件有屬於動物本身的，往往隨動物的種類、品系、性別、毛色、營養狀態等而異；也有屬於動物所處環境的，主要是氣候、生態、飼養管理以及引起應激反應的因素，如噪聲、過度擁擠和受驚恐等。此外，動物的習性也已成為病因學研究的一個課題。