中國醫學科學的高級學術機構和綜合研究中心（簡稱醫科院）。其前身為原中央衛生研究院。1950年原南京的中央衛生實驗院的大部分研究單位與中央衛生實驗院北京分院合併，同年10月改建為中央衛生研究院、1954年全院共有8個研究單位（其中6個在北京，南京有一所分院、海南島有一個研究站）。1956年8月經衛生部正式命名為中國醫學科學院，1957年國務院決定將中國協和醫學院併入中國醫學科學院。其後協和醫學院停辦2次，又複校2次（1979年複校後改名中國首都醫科大學，19985年又改為中國協和醫科大學）。1983年5月中國首都醫科大學與中國醫學科學院組成一個統一體，設一套領導機構，兩塊牌子。1983年原屬中國醫學科學院的6個研究所劃出，與衛生部直屬的工業衛生實驗所組成中國預防醫學科學院。
醫科院現有19個研究所，研究范圍包括基礎醫學、臨床醫學、腫瘤、心血管疾病、血液會、皮膚病、整形外科、徽循環、藥物、醫藥生物技術、藥用資源開發、輸血、放射醫學、生物醫學工程、實驗動物、醫學情報等各個方面。此外它還有6個附屬醫院，在哈爾濱、杭州、成都和西安還有4個分院。