具有真正細胞核、能產生孢子而沒有葉綠素、能進行有性或無性繁殖、常具分枝的絲狀營養體。屬種很多。
簡史和意義 真菌一詞的拉丁文“fungus”原意蘑菇。是個古老的生物類群，植物化石表明在泥盆紀（4億多年前）就有第一批腐生和寄生的真菌。宋代陳仁玉所著《菌譜》(1250年)描述瞭食用菌11種，明代潘之恒所著《廣菌譜》(1500年年)描述瞭食用菌19種。1977年在浙江餘姚河姆渡村進行考古發掘，出土物中有菌類，表明中國先民在仰韶時期(距今6 000～7 000年)已經采食蘑菇。
真菌的起源演化和分類頗復雜，作為單源的真菌，隻含壺菌、接合菌、子囊菌、擔子菌和半知菌。真菌是一類極豐富的自然資源。人和動物每年消耗大量的真菌菌體和子實體；它也是重要的藥用資源；其某些代謝產物在工業上用途廣泛；某些真菌引發人體足癬、體癬等疾病；煙曲黴、黃曲黴引發曲黴病；念珠菌侵染人體，誤食毒菇均可致人命；腐生真菌可使衣物發黴、食物腐敗變質等；某些真菌如毒力蟲黴的代謝產物——脂溶性甾醇類化合物具有廣譜殺蚜蟲作用，對一些鱗翅目害蟲均有很強殺滅作用，且不污染環境，對人畜安全。
結構 真菌是多型性生物，以吸收水分和養料進行營養繁殖，由簡單到復雜，可分為原質團、單細胞、假菌絲、兩型菌絲和菌絲體。菌絲體是常見的典型營養體，由微小絲狀物構成，它在基物上向一個方向分枝、延伸以便獲取養料。
常見的細胞器有：細胞核、線粒體、微體、核糖體、液泡、溶酶體、泡囊、內質網、微管、鞭毛等；內含物有肝糖、晶體、脂體等。細胞核有核膜，雙層結構，具有特征性的核膜孔。細胞核含有一個大部分為RNA組成的核仁，核分裂時，核仁有時消失。大多數絲狀真菌的原生質由橫膈膜隔開，在許多真菌中有不同類型的營養結構，如菌索、菌核和子座等。菌索是由菌絲體平行排列組成的長形索狀物，周圍有外皮、尖端為生長點，有運送物質和蔓延侵染的功能，在不適環境下呈休眠狀態。菌核是堅硬的、能抵抗不良環境的休眠體，外壁由深色厚壁細胞構成，內層為淺色擬薄壁細胞。不同的真菌形成不同菌核（如藥用的茯苓、豬苓、雷丸和麥角等），可長期休眠，適宜條件下重新萌發，產生子實體、菌絲和分生孢子。子座是堅實的營養結構，有時有菌絲和寄主組織混合構成，極似坐墊和床座，常在座上或座中形成子實體。
營養和生長 真菌對營養的需要與動物和細菌相似，不像綠色植物那樣能自己合成食物。真菌所需有機物質依賴於自然界其他生物。從死有機體中吸取養料的真菌為腐生菌。可侵害活有機體的真菌稱寄生菌。被寄生菌侵害的活有機體稱寄主。寄生和腐生並非絕對，一定條件下，一些真菌既能分割活有機體又能生活在死有機體上，這種真菌稱兼性寄生菌或兼性腐生菌。許多真菌既從其他活有機體攝取養料，又向同一活有機體提供養料，稱為共生真菌。
單細胞真菌菌體的生長，主要經過細胞膨大、細胞核分裂、細胞質合成，最後達到細胞的芽殖或裂殖，進入無性繁殖。絲狀真菌的生長以頂端延長的方式進行。菌絲頂部是菌絲體生長點，其中含有大量泡囊、殼質體和細胞核等。泡囊以水泡形式從內質網轉移到高爾基器，在那裡濃縮、加工，並將其內質網膜轉化為類質膜，然後從分散高爾基器分泌釋放，移至菌絲頂部，與質膜融合，使菌絲頂部的質膜增加。同時，頂部泡囊的內含物也被用來合成細胞壁，這些內容物含有壁的溶解酶類、合成酶類以及一些合成細胞壁的前體物。殼質體是比泡囊小得多的微泡囊結構，是運輸甲殼質合成酶的容器，為菌絲的伸長創造條件。在逐漸硬化的細胞壁和逐漸擴大的液泡壓力下，菌絲中活躍的原生質從衰老部分流向頂端，使菌絲頂端不斷伸長。這種生長方式稱為菌絲頂端生長。
生殖 真菌的繁殖方式分為無性繁殖、有性生殖、準性生殖。
無性繁殖指不經過兩性細胞結合產生新個體，有4種方式：①體細胞（菌絲）的斷裂。②體細胞分裂成子細胞。③體細胞或孢子的芽殖。④各種無性孢子（如遊動孢子、孢囊孢子、分生孢子、厚垣孢子等）的生產，每個孢子可萌生芽管，再形成菌絲體。無性繁殖在真菌的繁衍和傳播上起重要作用。
有性生殖指兩個可親和的結合性細胞核，通過遊動配子配合、配子囊接觸交配、配子囊交配、性孢子配合和體細胞配合實現。典型的有性生殖過程分三個階段：第一階段稱質配，即兩個帶核原生質體在同一細胞內互相配合。第二階段稱核配，即上述細胞裡兩核的配合。有的真菌在質配後立即核配；另一些真菌則出現雙核階段，即每個細胞裡有兩個沒有結合的核，細胞生長或分裂時，它們同時分裂，這是真菌特有的現象。此兩核相當晚時才配合。第三階段，核配後或遲或早會發生減數分裂，重新使染色體的數目減為單倍。最後形成各種有性孢子，如休眠孢子囊、卵孢子、接合孢子、子囊孢子和擔孢子。
準性生殖分三步：①形成異核體。其菌絲形成又通過三種途徑實現，即異核菌絲的結合；同質菌絲內的核突變；菌絲內一些單倍體核進行核配形成二倍體核。②兩個核的融合。同質和異質的核皆可核配，形成二倍體核和異質二倍體核。③包括二倍體核一系列非典型的、不規則的單倍體化。半知菌不發生有性生殖，發生準性生殖的也隻有曲黴、青黴和鐮孢黴屬中的少數種。有性生殖和準性生殖並不互相排斥，有的真菌如構巢曲黴，既發生有性生殖也發生準性生殖。
生態 真菌種類很多，對生存條件的要求和反應各異。真菌生活在水域、陸地、熱帶、寒帶各處；有的全年生長，或隻在某季節生長；有的寄生於其他生物，有的與其他生物共生，有的隻能生長在其他生物的腐敗殘骸上。每種真菌對養料、溫度、濕度、酸堿度、氧、光線等都有特殊要求。腐生真菌數量多、分佈廣、作用大，當其菌絲與基物緊密接觸時，在外酶的作用下，可將周圍不溶性有機物水解為可溶性的，將大分子有機物分解，通過菌絲壁的直接擴散作用吸收。首先吸收可溶性糖和氨基酸。大多數真菌能夠迅速分解簡單的碳水化合物，如糖類、淀粉、半纖維素和某些蛋白質。纖維素、脂肪和油類的分解較慢，且常需特殊的真菌進行。木質素、蠟和單寧等被少數真菌分解。土壤真菌主要分佈於距地表24厘米以內的土壤中，0～10厘米間最多。其數量和種類隨土層的加深而遞減；水生真菌生活於水體中並完成生活史；嗜熱真菌在40℃以上生長繁殖，常見的有毛黴、毛殼菌、藍壯菌、嗜熱子囊菌等屬的一些種。喜冷真菌於10℃以下的極地、高山、雪層和冷藏庫中生長，如結實串孢黴、總絲黴等多數半知菌和酵母。海拔4 000米的高山和雪線附近也有蘑菇子實體生長。冷藏庫儲存的肉類和果蔬上常有枝孢、枝黴、青黴和毛黴等真菌。大氣真菌主要在對流層及其以上10千米處，少數在同溫層。空中真菌的類型和密度，因季節、時間、氣候和人類活動而變化。在幹旱氣候的白晝，枝孢和鏈格孢等幹孢子類占優勢；在潮濕的夜間，子囊孢子和擔孢子較多。幾乎所有植物都受真菌的侵襲和危害。受害最大的是栽培植物，造成減產、品質降低。寄生真菌可侵染動物和人，引起病害。絕大多數為半知菌，少數是接合菌和子囊菌。這些病原菌都是兼性寄生菌，從人體分離出來的真菌約12種，其中半數是常見的腐生菌。尚未發現專性寄生於人的真菌。寄生真菌從其他同種或異種真菌獲取養料，已知30多種壺菌生於其他壺菌和卵菌上。有些毛黴目的真菌常寄生於毛黴目的其他成員上，並具有高度的專一性。有些半知菌是卵菌、接合菌、子囊菌、擔子菌和其他半知菌的寄生物。這類真菌可用於害菌的生物防治。還有一些共生真菌同其他生物生活在一起，彼此互益，如地衣、菌根、蟲道真菌等。