由導彈指揮站發出指令信號來控制導彈飛行的制導技術。指揮站可設於地面、海上（艦載）或空中(機載)。它測量目標和導彈的運動參數，並將導彈的運動參數同目標的運動參數(或事先裝定的飛行程式)進行比較，根據選定的制導規律（見導彈制導和控制系統）形成制導指令，通過指令傳輸裝置發送到導彈上。導彈接收到的信號經過變換、放大，送給執行機構，執行機構根據指令調整導彈的飛行方向，最後使其接近或命中目標。指令制導的特點之一是除有導彈和目標外，還有指揮站。指令制導按所用傳輸、接收裝裝置的不同可以分為無線電指令制導和有線指令制導兩種方式。
無線電指令制導 一般用於地空導彈。無線電指令制導的優點是彈上設備簡單，在一定距離范圍內制導精度較高，缺點是易受幹擾和易為敵方發現，制導精度隨作用距離的加大而降低。無線電指令制導主要用於戰術導彈飛行的中段和初段的制導。末段則采用其他制導方法，以提高制導精度。對於近程戰術導彈（距離不超過20公裡）則用於全程制導。
有線指令制導 一般用於近程反坦克導彈。早期的空空導彈也有用有線指令制導的。60年代有的反坦克導彈采用光學瞄準、人工操縱的有線指令制導。導彈與指揮站有導線相連。指令由導線傳給導彈。有線指令制導的優點是設備簡單，抗幹擾能力強。但受導線長度的限制，作用距離一般較短（約1公裡）。
指令制導系統 指令制導系統一般由裝在指揮站的跟蹤測量裝置、指令形成裝置、指令傳輸裝置和裝在導彈上的指令接收裝置和控制裝置5個部分組成。
①目標和導彈跟蹤測量裝置：用於測量目標和導彈的瞬時位置或其他運動參數（速度、角速度等），一般采用雷達、紅外探測器、光學瞄準器或電視攝像器等。
②指令形成裝置：對目標和導彈的運動參數進行比較計算，形成指令信號，可采用數字計算機或模擬計算機。在采用光學瞄準器或電視攝像器的系統中，往往依靠人工跟蹤測量和發出指令。
③指令傳輸裝置：一般采用無線電發射機將指令傳送給導彈，也可以從導彈尾部引出導線來傳輸指令。
④指令接收和變換裝置：它接收指揮站發來的信號並加以變換、放大。為瞭抗幹擾和便於傳送，指令在傳輸過程中常編成密碼形式，導彈接收到信號後，再將其變換為控制裝置工作的信號形式。
⑤導彈上控制裝置：它由導彈上慣性元件、計算機和執行機構組成，按指令信號的要求通過執行機構調整導彈的飛行方向。