有生活力的種子由於內在原因，在適宜的環境條件下仍不能萌發的現象。休眠是植物在長期系統發育過程中獲得的一種抵抗不良環境的適應性。具有休眠特性的農作物種子在高溫多雨地區可防止穗發芽；某些沙漠植物的種子可以休眠狀態度過乾旱季節，以待合適的萌發條件。蓮的種子在土壤深層休眠的時間可超過千年。但種子休眠對農業生產也常帶來一些困難，如處於深休眠的種子到播種時往往因難以發芽或不發芽而造成遲發、缺苗，須以適當處理打破休眠，促進萌發，才能及時播種出苗。由於雜草種子有明顯的休眠眠期，且休眠時間長短不一，大田除草常因草苗陸續出土而作業繁雜，需進行多次。
種子休眠的原因 主要有下列幾個方面。
胚的影響 銀杏、人參等的種子采收時外部形態已近成熟，但胚尚未分化完全，仍需從胚乳中吸收養料，繼續分化發育，直至完全成熟才能發芽。另如櫻桃、山楂、梨、蘋果、小麥等種子胚的外部形態雖已具備成熟特征，但在生理上必須通過後熟過程，在種子內部完成一系列生理生化變化以後才能萌發。
種皮的影響 主要是由種皮構造所引起的透性不良和機械阻力的影響。有的是種皮因具有柵狀組織和果膠層而不透水，導致吸水困難，阻礙萌發（如豆科植物種子）；有的種皮雖可透水，但氣體不易通過或透性甚低，因而阻礙瞭種子內的有氧代謝，使胚得不到營養而不能萌發（如椴樹）。有些“硬實”種子則是由於堅厚種皮的機械阻力，使胚芽不能穿過而阻止萌發（如苜蓿、三葉草）。
抑制物質的影響 有些種子不能萌發是由於種子或果實內含有萌發抑制劑，其化學成分因植物而異，如揮發油、生物堿、激素（如脫落酸）、氨、酚、醛等都有抑制種子萌發的作用。這些抑制劑存在於果汁中的如西瓜、番茄；存在於胚乳中的如鳶尾；存在於穎殼中的如小麥和野燕麥；存在於種皮的如桃樹和薔薇。它們大多是水溶性的，可通過浸泡沖洗逐漸排除；同時也不是永久性的，可通過貯藏過程中的生理生化變化，使之分解、轉化、消除。
休眠的解除 生產上通常用下列幾種方法打破或解除休眠：①低溫處理。如殼鬥科、薔薇科、松科、柏科的種子可采用沙土層積法，在低溫（0～10℃）、濕潤和通氣良好的層積下經過一段時間便可萌發。所需時間從幾周到幾個月不等，因植物種類而異。②幹燥處理。大麥種子在40℃高溫下處理3～7天，禾谷類和棉花等種子在播種前曬種，均可促進萌發。③曝光處理。如萵苣種子發芽需要曝光；有些雜草種子也隻有耕翻到地面上曝光後才能發芽。④沖洗處理。多用於因種子內存在抑制劑而造成的休眠。通過浸泡沖洗種子，可促進發芽。⑤機械處理。對硬實種子采用機械處理如切割、削破和擦傷種皮等可打破其休眠。⑥藥劑處理。常用的化學藥劑有過氧化氫等氧化劑和赤黴素、乙烯等激素。赤黴素可逆轉脫落酸引起的效應，打破由後者誘導的休眠；在低溫條件下赤黴酸促進發芽的效果尤其明顯。對三葉草種子可用極低濃度的乙烯解除休眠。