根據1946年《日本國憲法》和1947年《裁判所法》的規定，審判權由最高裁判所（或譯法院）和下級裁判所行使。下級裁判所包括簡易裁判所、傢庭裁判所、地方裁判所和高等裁判所。地方裁判所與傢庭裁判所屬於同一審級。各級裁判所一律兼理民事、刑事案件，實行四級三審制（見上訴審程式）。
簡易裁判所 管轄訴訟標的不超過30萬日元的民事案件和法定刑為罰金以下或案情比較簡單的盜竊、侵佔等刑事案案件。由 1名法官獨任審理。法官由最高裁判所提名，內閣任命。
地方裁判所 由法官和助理法官組成，管轄民事、刑事初審案件，並受理不服簡易裁判所的判決而提出上訴的案件，大多數案件由1名法官獨任審理。死刑、無期徒刑、1年以上徒刑或監禁的犯罪案件，以及上訴或抗訴案件，由法官3名組成合議庭審理，其中可以有1名助理法官。助理法官不得獨任審理，也不得擔任合議庭的裁判長。法官和助理法官由最高裁判所提名，內閣任命。
傢庭裁判所 由法官和助理法官組成，負責《傢事審判法》所規定的傢庭案件的審判和調解，以及《少年法》所規定的少年保護案件的審判，例如禁治產（見自然人）的宣告、子女收養、監護人的委托和解任、遺囑驗證、扶養和遺產分割等。對離婚案件，傢庭裁判所隻進行調解。調解不成即移送地方裁判所民事庭處理。成年人虐待兒童的犯罪案件，由傢庭裁判所審理。16歲以上未成年人犯有嚴重罪行需要給予刑事處分的，應轉送檢察官起訴。傢庭裁判所審判不公開；除法律規定需要組成合議庭審理的案件以外，均由1名法官獨任審判，但調查官可以參加。
高等裁判所 由裁判所長官和若幹名法官組成，一般管轄上訴或抗訴案件，並受理以其為終審級的民事案件或法定的重刑案件。由法官3人或5人組成合議庭審理。高等裁判所長官由最高裁判所提名，內閣任命，天皇認可。法官的任命與地方裁判所相同。
最高裁判所 由裁判所長官1人和法官14人組成，管轄上訴案件、特別抗訴案件和彈劾案件，其任何判決均為終審判決。對案件的審理，可根據情況決定由大法庭或小法庭進行。大法庭由全體法官組成，滿9名即可開庭；小法庭由法官5名組成，滿3名即可開庭。最高裁判所長官由內閣提名，天皇任命；法官由內閣任命，天皇認可。最高裁判所下設事務總局和3個附屬機構，即司法研修所、裁判所書記官研修所和傢庭裁判所調查官研修所。
日本法院組織示意圖
最高裁判所、高等裁判所和地方裁判所均設法官會議，行使司法行政職權，由各該裁判所的全體法官參加，各所的長官任主席。