中國衛生部直屬的國傢級預防醫學科研機構，於1983年由原屬中國醫學科學院的五個研究所和衛生部直屬的工業衛生實驗所劃出組成。原名中國預防醫學中心，1986年改為現名，後工業衛生實驗所複歸衛生部直接領導。該院現有8個研究所，即：流行病學微生物學研究所、病毒學研究所、寄生蟲病研究所、勞動衛生與職業病研究所、環境衛生與衛生工程研究所、營養與食品衛生研究所、環境衛生監測所和食品衛生監督檢驗所。
中國預防醫學科學院雖組建於1980年年代，但下屬各所皆有30餘年或更長的科學研究基礎。該院現有科技人員1800人，研究員和副研究員約占科技人員的22％。
中國預防醫學科學院承擔衛生部確定的五項任務：①進行預防醫學理論和實驗的研究，並組織協調全國預防醫學科研工作；②對省、自治區、直轄市級衛生防疫專業機構提供技術指導和培訓專業幹部；③衛生防疫監督和監測；④組織有關法規、標準制定及科學技術政策的研究工作，為衛生部決策提供科學依據；⑤預防醫學情報資料的收集和交流。
研究工作重點為嚴重危害人民健康的傳染病、寄生蟲病、職業病、地方病、食物中毒、非傳染病如腫瘤等的預防及控制以及有關室內外環境、工作環境、營養等方面公共衛生問題。預防醫學科學院在國內首先采用基因工程研制出多種人幹擾素、並將生物技術應用於疫苗研制和多種疾病的診斷。
全院還對外公開發行雜志11種，如中華流行病學雜志和病毒學報。