在中醫學中由於學說師承不同所形成的不同群體和派別。這種因學術主旨不同而形成不同的學派，是中醫歷史發展中極為突出的特點。中醫學術流派是在實踐中不斷創新而產生的，一個學派的形成應具備三項條件：一是有一個或幾個有影響、有威望的學術領頭人，即宗師，例如傷寒學派的宗師是張仲景、河間學派的宗師是劉河間等；二是有一部或數部反映本派觀點的傳世之作，並保持該學派的研究方法和學術風格，例如醫經學派以《內經》為主導著作，圍繞臟腑經絡、病因病機、養生、治則等展開研究；三是有一大批批跟隨宗師（包括私淑）的弟子，他們本身也必須是具有一定學術水平的醫學人才，例如易水學派的開山鼻祖是張元素，其弟子有李東垣、王好古等人。
在中醫藥發展史上，學派的形成有一個過程。春秋戰國時代，百傢蜂起，形成爭鳴之勢，醫學是這股文化洪流的一個重要分支。受主導文化思潮的影響，因立論的學術宗旨不同，研究的角度、方法與手段的不同，以及研究者的哲學觀念、所處地域環境的不同而有不同的醫療方式和學術見解，形成用針、用藥和重切脈的三大派。西漢時代已融合為醫經和經方兩大派別。其中，針灸和切脈者並為醫經一派，重視使用藥物方劑者則發展為經方學派。《漢書·藝文志》記載，當時有醫經7傢、經方11傢。東漢末年，醫學傢張仲景治療外感熱病卓有療效，以六經辨證在理論上奠定瞭辨證論治的基石，著成《傷寒論》一書，以後其學術絡脈承傳，成為一大學派。宋代科技發達，儒學打破瞭漢代經學定於一尊的局面，始有門戶之分，這成為中醫學傢突破意識的前提，形成瞭金元時代醫學傢的爭鳴局面。《四庫全書總目提要》把這種儒學和醫學的相關變遷現象稱之為“儒之門戶分於宋，醫之門戶分於金元”。在金元時代有被稱為“四子學派”的四大醫傢（見金元四大傢），即劉完素（劉河間）、李東垣、張子和、朱丹溪，他們各有所長，劉完素創立火熱論；李東垣師承張元素，主補脾，著《脾胃論》；張子和立論邪之法而主攻下；朱丹溪則撰著《陽有餘陰不足論》、《相火論》而創立瞭滋陰學派。此四大傢，又據其師傳和地域，可概括為以劉完素為代表的河間學派和以張元素、李東垣為代表的易水學派。明清一些醫傢在治療外感熱病方面有所創新，在病因上從熱立論，提出衛氣營血辨證及三焦辨證，經葉天士、吳鞠通、王孟英等一批醫學傢發展成為溫病學派。清末民初，西醫學傳入中國以後，一批中醫學傢如王宏翰、朱沛文、唐容川、張錫純等，主張中西醫學匯聚而溝通之，衍成中西醫匯通派。該派雖然歷時較短，但提倡取長補短，在一個時期內辦刊興學，起到傳承中醫的作用，又成為中西醫結合的先導。
中醫的學派有明顯的繼承性，大的學派像醫經學派、傷寒學派，能夠千餘年一代一代繼承發展下去而不衰，甚至傳到國外，例如在日本流傳有傷寒學派和丹溪學派醫學。一個學派群體的發展創新能力是個人能力的高倍放大，而且通過學派間的學術爭論擴大瞭認識的廣度與深度。例如傷寒學派與溫病學派間的爭論，河間學派與易水學派之間的爭鳴，以及丹溪之學與宣和局方之爭論等，促使各學派的認識能力進一步提高。此外，中醫的學派還具有融合性，各學派不斷吸收他派之長，互相滲透交叉，此起彼伏，匯流成幹，形成中醫學繼往開來的“長河”。明代王肯堂在《明醫雜著》中認為：“外感法仲景，內傷法東垣，熱病用河間，雜病用丹溪，一以貫之，斯之大全矣。”