又稱中國藏語系高級佛學院。由班禪額爾德尼·確吉堅贊和中國佛教協會趙樸初會長共同倡議，經中共中央、國務院批準於1987年9月1日在北京正式成立。位於安定門外黃寺大街西黃寺。自18世紀後期以來，西黃寺曾是藏傳佛教的班禪額爾德尼活佛來京時的住錫之地。佛學院創立宗旨是：培養愛國愛教的藏傳佛教高級人才、弘法利生、抵制國外分裂主義的滲透破壞、維護藏傳佛教正常秩序和發展，維護中國共產黨的宗教信仰自由政策。佛學院成立後的最初十年間有三屆高級學員畢畢業，都是藏傳佛學和佛寺管理的高級人才，都是轉世活佛。佛學院的課程涵蓋世間學與出世間學，傳統佛教中稱“五明學問”，其中的聲明（藏語語言學、文字學）和因明（佛教邏輯學）尤具特色。佛學院由塔爾寺卻西活佛和甘孜那倉活佛共同主持教學事務，院內除專職教師外，每年還聘請藏傳佛教中不同教派的活佛、格西來院任教。