因陰囊壁或其內容物的炎癥、外傷、畸形和腫瘤造成陰囊結構、位置、形態異常等病變。
陰囊畸形 絕大多數為先天性發育異常，表現無陰囊、陰囊裂和陰莖陰囊融合。無陰囊或單側陰囊發育不良常與隱睪一起發生。陰囊裂又稱陰莖陰囊轉位，分為完全性及部分性兩類：完全性陰莖陰囊轉位指陰莖與陰囊位置上下顛倒，陰莖位於陰囊下方方。部分性陰莖陰囊轉位則隻有一部分陰囊延伸至陰莖兩側及背側，呈半環狀。有的病人合並骶尾部發育異常或尿道畸形，極少數有染色體的異常。陰莖陰囊融合又稱蹼狀陰莖，是陰莖腹側皮膚與陰囊相連（融合），使陰莖與陰囊不能完全分開，約3.5％合並尿道下裂。外科手術矯形是陰囊畸形治療的唯一手段。
陰囊感染 多源於表皮或囊內器官炎癥。外生殖器陰囊區域不衛生和不良生活習性是陰囊感染的誘發因素。常見真菌性陰囊炎、細菌性毛囊炎、皮脂腺囊腫感染、陰囊淋巴水腫、陰虱性陰囊瘙癢、陰囊濕疹和特發性陰囊壞死。臨床表現主要為局部紅腫、熱、痛、瘙癢、表皮潰瘍、陰囊壞死，嚴重感染常伴有全身中毒癥狀。病原菌確定非常重要。治療主要根據病原體采取相應藥物。此外，附睪結核、尿道狹窄和憩室可能伴有膿腫形成，表現為陰囊腫脹、疼痛和紅斑，以及尿液外滲到陰囊和會陰部，常需切開引流及抗生素治療，同時應對原發病進行相應治療。陰囊有壞死，需壞死組織清除，陰囊感染膿腫形成，需切開引流，陰囊淋巴水腫可能由腹部淋巴管或靜脈受壓迫、腹腔內腫瘤、肝硬化腹水、絲蟲病等引起，可考慮陰囊部分切除或陰囊成形術。
陰囊外傷 包括：挫傷、裂傷、撕脫傷和穿透傷。根據陰囊皮膚是否完整分為：開放性和閉合性損傷。陰囊及內容物有豐富的血管和神經，陰囊受到撞擊，會產生劇烈的疼痛，甚至會產生暫時的昏厥。陰囊受傷後出現陰囊皮膚黑紫色或瘀斑、血腫、下墜、疼痛等不適感，陰囊外傷如果合並尿道外傷常有尿外滲，排尿困難。血腫常為鞘膜內血液積聚，也可以是內膜下、陰囊縱隔或鞘膜外，為疼痛性腫脹，透光實驗陰性。根據外傷病史及傷後表現，診斷不難確定。治療應視病情盡早清創縫合、預防感染、手術引流或修補治療等。
陰囊腫瘤 臨床極為少見。良性腫瘤有血管瘤、皮脂腺囊腫、淋巴管瘤、脂肪瘤、平滑肌瘤、纖維瘤和橫紋肌肉瘤。惡性腫瘤多見陰囊皮膚鱗癌、網狀細胞肉瘤、橫紋肌肉瘤、平滑肌肉瘤、陰囊炎性癌等。陰囊皮膚鱗癌與化學性物質接觸有關，多見於老年患者。初期陰囊皮膚呈疣狀突起物，局部紅腫或潰瘍。病理活檢是確診的唯一手段。鱗癌在確診時已有1/2患者發生腹股溝淋巴結轉移。診斷一經確定，應手術切除原發病灶和清除轉移淋巴結。術後輔以放療有助於提高5年存活率。