又稱次要常量元素肥料，含有作物營養元素鈣、鎂和硫中一種或一種以上的化合物，並需標明含量的一類化肥。次要常量是與主要常量氮、磷、鉀的生產和施用的規模相比較而言。中國習稱中量元素肥料。這類肥料除提供作物養分之外，還可以調整土壤的物理性質，促進農業增產。中量元素肥料的生產在很長時間裏，都不為人們所重視。原因是在一些常用的肥料品種中，特別是低濃度肥料品種中同時含有鈣、鎂或硫元素，大氣中的二氧化硫通過雨水進入土壤，也是硫元素的來源之一。近30多年來，化肥品種結構中高高濃度肥料逐步代替瞭低濃度肥料，使帶入土壤中的鈣、鎂和硫元素減少，一些土壤出現瞭短缺中量營養元素，特別是短缺硫元素的現象，從而使中量元素肥料的生產和使用得到重視。
含鈣、鎂肥料 石灰石粉、白雲石粉、熟石灰、貝殼粉和其他含鈣、鎂的工業廢料，廣泛用作土壤調理劑和提供鈣、鎂營養元素。其土壤調理作用是：①改善土壤中磷肥的有效性。在含鐵、鋁氧化物高的土壤中，由於磷酸鹽與鐵、鋁化合物的反應，磷肥的有效性降低。施用鈣、鎂調理劑使土壤pH保持在6～7，可以阻緩上述反應進行。②有利於土壤中銨態氮轉化為硝態氮的反應，多數硝化細菌需要鈣素。③促進生物固氮的過程。④調整作物對微量元素的吸收量，土壤pH保持在6～7時，微量營養元素對作物保持一定的有效性。⑤改良土壤的物理性質，主要是改善土壤的粒度分佈。常見的鈣鎂磷肥（見磷肥）也有上述作用。
含硫肥料 主要用於調整土壤的堿性和鹽性（土壤含過多的氯化鈉和碳酸鹽）。大量的硫酸鈣(石膏)用於改良鹽堿地或被海水淹沒過的土壤，有良好的效果。印度成功地用硫鐵礦改良堿性土壤或石灰質土壤。對於一些pH較高的缺鎂土壤，不宜施用白雲石粉，可施用硫酸鎂或無水鉀鎂礬，也可以使用蛇紋石類矽酸鎂粉。近年來，發展瞭一種新的技術，把熔融的元素硫塗包在尿素顆粒表面，一方面向土壤提供硫元素，另一方面使尿素成為緩效氮肥以提高氮素的利用率。