圍繞人口與健康、資源與環境、新材料進行有機化學基礎性和應用性研究的國傢級專業機構。簡稱中科院上海有機所。1950年5月在上海成立。所長莊長恭、薑標等。前身是中央研究院化學研究所（建於1928年）和北平研究院化學研究所與藥物研究所。1970年易為現名。先後擁有13位中國科學院院士。設有4個國傢重點實驗室、4個研究室、2個研究中心。。與國內外大學、企業共建滬港化學合成聯合實驗室、聯合利華SIOC研究室、上海三維藥物研究中心。主要以有機化學研究發展為基礎，圍繞人口與健康、資源與環境、新材料三大領域；重點突出生命與健康的化學問題、環境與資源、新材料與能源以及國傢安全相關的有機化學等六大研究方向；包括化學生物學、金屬有機化學、有機合成化學、元素有機化學、物理有機化學、化學信息學、有機材料化學和有機分析化學八大學科。研制完成牛胰島素的人工合成（合作）、酵母丙氨酸轉移核糖核酸的人工合成（合作），物理有機化學前沿領域兩個重要方面——有機分子簇集和自由基化學的研究，先後獲國傢自然科學獎一等獎。氟油、含氟材料以及萃取劑等研制成功，不僅為“兩彈一星”作出貢獻，而且為中國的磷化學、氟化學工業奠定基礎。截至2003年底，榮獲省部級以上科研成果獎300多項，申請專利390多項，授權專利149項。出版《化學學報》、《中國化學》、《有機化學》刊物。
中國科學院上海有機化學研究所辦公大樓