從事高性能電腦研究和開發的基礎型國傢級專業機構。簡稱中科院計算所。1956年在北京籌建，由華羅庚任籌備委員會主任。1959年正式成立，閻沛霖為首任所長。在該所誕生中國第一臺通用數位電子電腦，培育中國第一批電腦隊伍。20世紀50～70年代，為“兩彈一星”等國傢戰略需求作出貢獻。80～90年代後，走向國民經濟主戰場，推動形成中國的電腦產業，從該所陸續分離出中國科學學院微電子學研究所、中國科學院計算中心、中國科學院軟件研究所和中科院網絡中心等研究機構，以及聯想、曙光、希望、華建等高技術企業。現在該所是中國高性能計算機的研發基地，研制成功中國首枚高性能通用CPU芯片。該所的學科方向是計算機系統結構、網絡與普適計算、智能軟件。2005年有院士5名。設有3個研究部、1個中心、1個院重點實驗室和6個分部：系統結構研究部；網絡與普適計算部；智能軟件研究部；前瞻研究中心；中科院智能信息處理實驗室；上海分部、蘇州分部、寧波分部、肇慶分部、臺州分部、東莞分部。截至2005年底，取得科技成果571項，獲獎勵201項，其中國傢級獎勵31項，院部級獎勵144項。刊物有《計算機學報》、《計算機科學技術學報》、《計算機研究與發展》、《計算機輔助設計與圖形學學報》等。