合理利用漁業資源，防止漁業環境污染和保護漁業生態平衡的綜合措施。漁業環境是經濟水生動植物棲息、生存、繁殖所需要的外界環境的統稱。漁業環境由非生物性環境（包括水的物理特性、化學特性、氣象、底質和徑流等）和生物性環境（包括藻類、浮遊生物、餌料生物和底棲生物等）組成。漁業水域是漁業環境最重要的組成部分，是指魚蝦類的產卵場、索餌場、越冬場、洄遊通道以及魚、蝦、蟹蟹、貝、藻類的養殖場，包括所有適宜開展捕撈、養殖生產或水生經濟動植物生長、繁殖、索餌、越冬及洄遊的水域。
漁業環境保護是以保護魚、蝦、蟹、貝、藻類等水生生物棲息環境為目的，運用現代科學技術方法，采取行政、法律和經濟等措施，防止、減少並消除因人類生產活動所產生的化學或物理等因素對水生生物資源及其棲息環境的負面影響，保障水生生物的正常生存、繁衍，維護水域環境的生態平衡，保持可食用魚、蝦、蟹、貝、藻類等水產品的優良品質，保護人體健康，促進漁業經濟和環境的協調發展，逐步實現水生生物資源的可持續開發利用。
隨著漁業現代化的進程，全球漁業經濟得到瞭快速的發展。但受多種因素的影響，漁業水域污染嚴重，天然漁業資源衰退。環境污染破壞瞭漁業生態環境，極大地制約瞭漁業生產的可持續發展。保護漁業資源及其生存環境，促進漁業生產由生產型向生態型順利過渡，是各國漁業部門和相關部門一項長期的重要工作。
漁業環境保護從工作內容上可分為漁業水域環境保護和水生生物資源保護兩個方面，在具體工作上則包括漁政管理、漁業環境監測、漁業資源監測、環境質量評價、水生生態環境修復、漁業污染事故調查鑒定、水生生物資源的繁殖和增殖保護、漁業自然保護區建設等內容。