來源於植物和動物，以提供作物養分為主要功效的含碳有機物料。大多數有機肥料同時具有改良土壤的作用。在中國又稱農傢肥料。其特點是：原料來源廣，數量大；養分全，含量低；肥效遲而長；須經微生物分解轉化後才能為植物吸收；改土培肥效果好。由於有機肥料體積大、含水量高、養分含量低和施用量大，因而隻適宜就地取材、就地積制和就地施用。常用的有機肥料品種有：綠肥、人糞尿、廄肥、堆肥、漚肥、沼氣肥、廢棄物肥料等。
<綠肥 見綠肥作物。
人糞尿 人體排泄的糞和尿的混合物。人糞中含70％～80％的水分，20％左右的有機質，內含纖維素、半纖維素、脂肪、脂肪酸、蛋白質、矽酸鹽、磷酸鹽、氯化物以及鈣、鎂、鉀、鈉等鹽類。此外還有少量的糞臭質（吲哚、硫化氫、丁酸）、糞膽質和色素等。人尿除含水分外，尚含有尿素、食鹽、尿酸、馬尿酸、磷酸鹽、銨鹽、微量元素和生長素等。因其常混有病菌和寄生蟲卵，施用前應進行無害化處理，以防止蚊蠅孳生繁殖，避免水源、土壤等的環境污染。人糞尿的碳氮比(C/N)較低，極易分解；含氮素較多，腐熟後常作速效性氮肥施用，作基肥或追肥均可。以與磷、鉀肥配合施用為宜。但不能與草木灰、石灰等堿性肥料混合施用，否則易使氨揮發損失。每次用量不宜過多，以免造成養分流失和作物徒長。忌氯作物不宜施用，以免影響作物品質。
廄肥 傢畜糞尿與墊圈材料（或稱褥草）、飼料殘渣混合堆積並經微生物作用而成的一類有機肥料。富含有機質和各種營養元素，具有提供作物養分和培肥改土等功能；還有利於養畜積肥與用地養地結合，促進農牧業生產的全面發展和農業生態系統的良性循環。各種畜糞尿中，以羊糞的氮、磷、鉀含量最高，豬、馬糞次之，牛糞最低；而排泄量則以牛最多，馬、豬次之，羊最少。常用的墊圈材料有秸稈、雜草、落葉、泥炭、幹細土等。廄肥不僅能供給作物生育所必需的氮、磷、鉀、鈣、鎂、硫等常量營養元素和鐵、錳、硼、鋅、鉬、銅等微量營養元素，而且可以供應氨基酸、酰胺、核酸等有機養料。廄肥分解產生的大量二氧化碳還能供作物進行碳的同化作用。廄肥中含有大量微生物及各種酶，如蛋白酶、脲酶、磷酸酶等，可促進有機態氮、磷轉變為無機態，提高土壤中的有效養分；所產生的活性物質如維生素B1、B6等則可促進根系發育，使作物更好地利用土壤中的養分。在改良土壤性質方面，廄肥因含有大量腐殖質膠體，施用後可促進土壤團粒結構的形成，從而增加砂土的保水、保肥能力，改善黏土的通氣、透氣性能，從而協調土壤的水、氣矛盾，利於作物根系的伸長和養分的吸收。廄肥富含有機質，施用後可降低土壤容重，改善土壤板結、黏實等不良性質，增加土壤持水量，使土壤溫度變幅縮小，有利作物根系的正常生長。腐熟後的廄肥可用作基肥。新鮮廄肥的養分多為有機態，碳氮(C/N)比值大，不宜直接施用，尤其不能直接施入水稻田。
堆肥 作物莖稈、綠肥、雜草等植物物質與泥土、人畜糞尿、垃圾等混合堆置，經好氣微生物分解而成的一類有機肥料。多作基肥用，施用量較大。除提供營養元素外，並可改良土壤性質，尤其對改良砂土、黏土和鹽漬土有較好效果。
漚肥 作物莖稈、綠肥、雜草等植物性物質與河、塘泥及人畜糞尿同置於積水坑中，經微生物嫌氣發酵而成的一類有機肥料。一般用作基肥，多施於稻田。漚肥大致可分為氹肥和草塘泥兩大類。氹肥可隨時積制，草塘泥則集中在冬春季節積制。積制時應翻塘和添加綠肥以及適量的人畜糞尿、石灰等，以補充氧氣、降低碳氮比值、改善微生物的營養狀況，加速漚肥腐熟。
沼氣肥 作物秸稈、青草和人畜糞尿等在沼氣池中經微生物發酵制取沼氣後的殘留物。富含有機質和植物的必需營養元素。沼氣發酵慢，有機物質的消耗量較低，氮、磷、鉀的損失也較少，其氮素回收率可高達95％，鉀也在90％以上。沼氣水肥宜作旱田追肥。沼氣渣肥則宜作水田的基肥，在作旱地基肥施後應復土。剛出池的沼氣渣肥含有一定數量還原性毒物質，須堆放數日再用。
廢棄物肥料 以各種廢棄物和生物有機殘體為主的一類肥料。有生活垃圾、屠宰場廢棄物、生活污水、海肥（沿海地區動物、植物性或礦物性物質構成的地方性肥料）等。
其他種類 包括傳統的泥肥、熏土、炕土、糟渣肥和餅肥等，在中國部分地區仍有使用。其中泥肥即湖、塘、溝、河中的肥沃淤泥，主要由雨水沖刷夾帶而來的細表土、腐爛的有機物、無機鹽、枯枝落葉等匯流到水底，加上水生動植物的排泄物和遺體，經嫌氣微生物分解而成。由於形成的地區和材料來源等的不同，養分差異很大，且分解程度差，施用前須經存放和晾幹，以促進養分轉化和消除還原性有害物質。一般用作基肥。糟渣包括酒糟、粉渣、豆腐渣等農產品加工中所產生的各種殘渣。餅肥由各種含油分較多的種子經壓榨去油後的殘渣制成，如大豆餅、菜子餅、芝麻餅、花生餅、棉子餅和蓖麻餅等，富含蛋白質和油脂、脂溶性維生素，因營養價值較高，一般用作飼料，再利用畜、禽的排泄物做肥料，是經濟合理的辦法。