運用行政、法律、經濟和科學技術手段，協調社會經濟發展與水質保護的關係，控制污染物質進入水體，維持水質良好狀態和生態平衡，滿足工農業生產和生活對水質的要求。
水質和水體污染 在自然界中絕對純淨的水是不存在的。水在自然界迴圈運動中，溶解、接納瞭多種物理性態和化學成分的物質，並容納入許多生物。地球上已知的106種元素，在天然水中就發現瞭60多種。水中含有的物質及其含量不同，其其感觀性狀（色、嗅、味、渾濁度）、物理化學性能（溫度、pH值、電導率、放射性）、化學成分（有機物和無機物）、生物組成(種類、數量)和底泥狀態都出現差別。水中各種物質含量及由此產生的一系列特性稱為水質。飲用、灌溉、養魚或工業用水，對水質都有一定要求。近代，由於城市和工業的發展和農業現代化，人類活動中產生的大量廢棄物質通過各種途徑直接或間接進入水體。當水中化學、生物等物質超過一定程度時，水的功能和水體環境質量便受到損害，水便不能使用或危害人體健康，這種現象稱為水體污染。當過量熱水進入水體使其功能受到損害時，稱為熱污染。
20世紀50年代和60年代，日本先後出現瞭水體因甲基汞污染引起的水俁病、鎘污染引起的骨痛病等水污染公害事件。據世界衛生組織估計，1980年全世界所有疾病中，80％是因不適當供水和水不清潔所致；在85個發展中國傢（除中國）中，約有13.2億人口沒有合格的用水。經中國衛生部門調查，1987年以前中國約有65.4％的人口飲用水源，存在渾濁、苦咸，或含氟砷毒物，或受工業污染和可能傳染疾病等。當前加強水質保護，防治水體污染已為全世界所關註。
水質標準 對水體質量的要求，分為水環境質量標準和廢水排放標準。水環境質量標準是為保護水環境和水的合格使用，對不同功能（飲用、漁業用水、灌溉、工業用水）水體分別規定污染物質的最高允許值。廢水排放標準是為瞭實現水環境標準(或目標)，對工廠、企業排放的廢水濃度、數量規定的最高允許值。各國法律都要求廢水排放必須符合排放標準。因此，它是實施水質管理的準繩和依據。排放標準分濃度控制和總量控制。濃度控制隻控制排放廢水的污染物質的濃度，對封閉性水域或自凈能力小的水體，並不能保證水體達到環境質量標準。總量控制是按照水體環境目標和自凈能力，得出允許最大負荷量（環境容量），從而對污染物質排放的濃度和總量都實行控制，以達到更好地保護水質的目的。
水質管理的基本內容 20世紀70年代以前，一般把水質保護單純看成對廢污水的治理，主要通過法律、行政手段限制廢水排放，促進企業采取工程措施對廢水進行處理。實踐證明這種方法代價太大，並沒有治本。此後，水質管理逐漸轉向采取預防性措施，從科學規劃，合理利用水資源，預防污染著手，使環境建設與社會經濟發展相協調。當代的水質管理包括以下三個方面。
宏觀計劃管理 從對區域、流域的國土開發整治，水資源的合理開發利用和保護著手，對地區內的工業佈局、產品結構進行全面規劃，提出綜合防治水污染的方案，並納入計劃經濟管理的軌道，確定防治水體污染的技術政策和技術發展方向，並有計劃地組織實施。采取的主要措施包括編制地區國土整治規劃、流域水質管理規劃等。
污染源管理 污染源是向水體排放污染物的場所、設備、裝置，是造成水污染的根源，也是水質管理的主要對象。主要應采取行政、法律、經濟措施控制污染物質排放的種類、數量、濃度和排放方式。
水體環境質量管理 按照水體的功能，劃定不同的水質分區；制定水環境質量標準和廢水排放標準；開展水質監測，對污染源實施監督管理；統籌兼顧、合理凋度水源，維持水體的自凈能力。
水質管理制度 隨著時代的發展而逐步完善。主要有以下幾種。
環境影響評價制度 1969年美國首先提出環境影響評價的概念，為許多國傢所接受並定為制度。中國水污染防治法規定：新建、擴建、改建直接或間接向水體排放污染物質的建設項目的環境影響報告書，必須對建設項目可能產生的水污染和對生態環境的影響作出評價，規定防治的措施，按照規定的程序報經有關環境保護部門審查批準。環境影響評價制度是貫徹預防為主方針的卓有成效的法律制度。
“三同時”制度 新建、擴建、改建的建設項目，其防治水體污染的設施，要與主體工程同時設計、同時施工、同時投產。建設項目投入生產或者使用的時候，其水污染防治設施必須經過有關主管部門的檢驗，凡達不到規定要求的，都不準投入生產或使用。
排污許可證制度 工廠企業向水體排放廢污水，必須向有關主管機關申報生產產品和工藝、排放廢污水的設施、排放污染物質的濃度及其總量，經過批準後才能排放。排放污染物的種類、數量和濃度有重大改變時，應及時申報。拆除或閑置污染物處理設施，應當提前申報，並征得主管部門同意。
限期治理制度 有關地方政府可以對造成水體嚴重污染的排污單位提出限期治理的要求。逾期達不到要求的可限制、停止企業排放廢水。
排污收費制度 按照企業向水體排放污水的數量、濃度，對排污單位征收排污費，要求污染者承擔對社會損害的責任，促進其治理污染。排污費有兩種形式：一是對排放的廢水都征收排污費，另一種隻對超過排放標準的廢水收費。中國實行兩種排污費都征收的制度。
水源保護區制度 根據水體特性及其使用情況，將河流分成不同功能的河段，提出不同的水質標準。對生活飲用水源地、風景名勝區水體、重要漁業水體和其他具有特殊經濟文化價值的水體，劃定保護區。保護區內禁止或限制工廠企業排放污水和進行其他有害於水質的行為。
水質監測和現場檢查制度 主管機關定期對水體水質進行監測評價，有權對管轄范圍內的排污單位進行現場檢查。被檢查單位必須如實反映情況，提供必要資料。主管機關對違反規定的排污單位，有權提出勸告、警告和罰款，並可發出停止排放的命令。
緊急事故強制處理制度 在生活飲用水源受到嚴重污染，威脅供水安全等緊急情況下，有關地方政府可采取強制性應急措施，包括責令有關企業事業單位減少或停止排放污染物。
維護水體自凈能力制度 在調節、調度水資源時，要統籌兼顧，盡可能保證河流、湖泊合理的最小流量(最低水位)以維護水體的自然凈化能力和生態平衡。
中國的水質管理 20世紀50年代中國科技工作者已註意到水質污染問題。1972年從北京市開始加強水源保護，對官廳水庫供水系統進行瞭有組織、有計劃的水質管理。自此，先後開展瞭松花江水系、薊運河、白洋淀等水系的水質保護。1979年頒佈的《中華人民共和國環境保護法（試行）》規定：“保護江、河、湖、海、水庫等水域，維持水質良好狀態”，確立瞭環境影響報告書、三同時、排污收費等管理制度。1984年制定瞭《中華人民共和國水污染防治法》，全面規定瞭水質管理的各項制度。
中國的水質管理實行區域管理與流域管理相結合的體制。地方由環境保護、航政、水利管理、衛生、地質礦產、市政等部門分工協作進行管理。在長江、黃河、淮河、松花江、遼河、海河、珠江等重要江河設立流域水資源保護局(辦公室)，負責組織、協調有關地區，進行流域管理。