水利工程專案在建設過程中，各個工作環節的先後順序和步驟。也稱水利工程基本建設程式。其內容包括調查研究、河流（或地區）水利規劃、專案確定、設計、施工和竣工驗收等。
中國水利工程建設程式 中國規定，對擬興建的水利工程專案，要嚴格遵守基本建設程式，做好前期工作，並納入國傢各級基本建設計畫後才能開工。水利工程建設程式一般分為兩大階段：工程開工前為前期工作階段，包括河流規劃劃、可行性研究、初步設計、施工圖設計等；工程開工後到竣工驗收為施工階段，包括工程招標、工程施工、設備安裝、竣工驗收等。
前期工作中根據工程規模大小不同，建築物構成不同，作用不同和管理部門不同，建設程序的繁簡亦不同，設計階段的劃分亦有所區別，各個階段的審批程序也不同。水利工程設計須遵循分階段循序漸進逐步深入的原則進行。設計階段一般分為初步設計和施工圖設計兩個階段。對重要的大型水利工程，增加技術設計，為三個階段。對技術復雜的工程，還要編制技術專題報告。對技術經濟條件簡單，方案明確的中型水利工程，可行性研究和初步設計合並為一個階段。對小型水利工程，則可進一步簡化。至於配套工程，如灌溉渠首、渠系重要的大型交叉建築物應與主體工程一樣，其他建築物可予簡化。
對前期工作項目實行分級管理。大中型水利工程項目按隸屬關系一般由主管業務部門或省、市、自治區審批，其中對國民經濟有重大影響的和協作關系比較復雜的項目，主管業務部門審查後，報國務院或國傢計劃委員會批準。中小型水利工程可由設計單位的上級審批。初步設計和概算經審查批準，可列入各級政府的年度基建計劃，或作為計劃的預備項目。
各個階段的主要工作內容如下。
江河流域規劃 根據國傢制定水利建設的方針政策，地區及國民經濟各部門對水利建設的需求，提出某一河流治理開發的全面綜合規劃（見流域規劃）。
可行性研究 根據國民經濟和社會發展的長遠規劃，在江河流域規劃研究的基礎上，選定建設項目，廣泛收集有關資料，踏勘建設地點，基本弄清工程項目的技術經濟條件，提出項目建議書。按照項目建議書的要求，對擬建工程勘測調查，收集水文氣象、地理、地質等自然資料和社會經濟資料，進行全面的綜合的技術經濟分析研究，確定工程的任務和規模，擬定多種可行方案，經過論證比較和必要的科學試驗研究選擇最佳方案，編制完整的可行性研究報告，作為編制工程項目設計任務書的依據。
初步設計 對可行性研究推薦的方案進一步分析利弊，落實建設條件和協作配合條件，審核技術經濟指標，比較確定建設地點，審查建設資金來源及償還能力，編制設計任務書，為項目最終決策和初步設計提供依據。根據批準的設計任務書和設計基礎資料，經通盤研究，確定工程項目的綜合利用、總體佈置及主要技術經濟原則，提出實施方案，編制初步設計和概算，經過審批，據以進行施工準備。
施工圖設計 對初步設計擬定的各項建築物，進一步補充計算分析和試驗研究，深入細致地落實工程建設的技術措施，提出建築物尺寸、佈置、施工和設備制造、安裝的詳圖、文字說明，並編制施工圖預算，作為預算包幹、工程結算的依據。
重要的大型水利工程，技術復雜，一般增加一個技術設計階段，其內容就工程的特點而定，深度應能滿足確定設計方案中較重要而復雜的技術問題和有關科學試驗、設備制造方面的要求，同時編制修正概算。
工程招標 初步設計批準後，主管部門籌組建設單位，進行工程招標。由設計單位編制招標文件，其內容應按照有關法規、工作條例的規定，對工程項目的規模、技術、質量的要求和實施細則作出詳盡的規定。建設系統（即發包單位）向施工單位發出投標邀請書，施工單位編制投標文件。通過開標、評標、議標、詢標等一系列過程，確定中標單位（即承包單位）。發包單位與承包單位簽訂承包合同和貸款合同協議書，其內容包括投標邀請書、投標書、工程量報價表、技術規范、圖紙及資金籌集、運用、貸款支付、帳戶建立等。合同協議書，應報送上級及有關單位核查備案。
工程施工及設備安裝 合同簽訂後，承包單位著手施工準備，主要為施工隊伍進點、施工征地、臨建工程等，並組織設備訂貨，編制施工計劃，據以進行工程施工、設備安裝、庫區居民遷移安置等。根據施工需要設計單位應派出設計代表在現場配合施工，說明設計意圖，必要時修改局部設計，並會同施工單位進行質量檢查。
工程竣工驗收 水利工程單項或全部建成後，應及時組織竣工驗收。按規定由主管業務部門會同有關單位，建設銀行等組成驗收委員會（或小組），對工程進行竣工驗收。重要的大型水利工程建設時間較長，可按工程施工情況，分期分階段進行驗收，最後由國傢計劃委員會全面驗收。竣工驗收前先由設計、施工單位自驗，編寫驗收申請報告，附以必要的圖紙文件及工程竣工決算。竣工驗收合格，移交給管理部門運用。
世界其他國傢水利工程建設程序 其程序大體和中國相似。前期工作階段：美國規定對江河流域進行多目標規劃後，開展水利工程的預可行性研究、可行性研究、方案設計、詳細設計。蘇聯規定由河流技術經濟調查報告選定第一期工程，然後進行初步設計、技術設計、施工圖設計。日本則分為初步調查、河流規劃、編制計劃、可行性研究、施工圖設計等階段。至於施工階段，各國也都經過工程招標、簽訂合同、工程施工、竣工驗收、投產使用等階段。