一些自由生活的阿米巴原蟲，如福氏內格勒阿米巴(Naegleriɑ fowleri) 或棘阿米巴 (Acanthamoeba)引起的神經系統感染性疾病。以發熱、劇烈頭痛、嗅覺障礙、昏迷為特徵。內格勒阿米巴引起者占十之八九。病死率高。世界各地均有發病，溫帶略多，在池塘內遊泳者尤易感染。1965年，福勒和卡特在澳大利亞首次報告病例後，美國、比利時、前捷克斯洛伐克等國也相繼報告，至今已已報告近200例，中國已報告2例。
福氏內格勒阿米巴與棘阿米巴生活史有滋養體和包囊兩期。滋養體均自由生活在泥土和不潔的池塘、緩流的河溪中，以細菌為食。包囊可存在於土壤中，耐幹燥。在分類學上與溶組織內阿米巴同屬肉足鞭毛門，肉足亞門，根足超綱，葉足綱，裸阿米巴亞綱。內格勒阿米巴屬裂核目，瓦爾坎普夫氏阿米巴科；其滋養體有鞭毛型和阿米巴型，阿米巴型於環境不良暫時轉變為鞭毛型，兩型之間可以互相轉變。阿米巴型與包囊之間亦可相互轉變。但鞭毛型不能形成包囊。鞭毛型容易侵入人體鼻腔粘膜，迅速轉變為侵襲性阿米巴型，沿嗅神經通過篩板入腦。內格勒阿米巴引起彌漫性腦膜腦炎，在腦組織中找不到包囊。主要病理特征是急性出血壞死性腦膜腦炎和脫髓鞘變化，後者系阿米巴分泌的磷酯酶引起。棘阿米巴屬阿米巴目，棘足亞目，棘阿米巴科，滋養體表面有多個棘狀突起，隻有阿米巴型，無鞭毛型。棘阿米巴引起肉芽腫性腦炎，在腦組織中可找到包囊。
本病分急性和慢性。急性者多由內格勒阿米巴引起，這與它耐高溫和毒力強有關。急性者多發生於健康兒童和青年，有近期在淡水湖、池塘或遊泳池中遊泳史。因吸入水中內格勒阿米巴的阿米巴型或鞭毛型所致，也有人認為是吸入塵土中的包囊而發病。臨床表現似流行性腦膜炎，早期出現咽痛、鼻塞、流涕、劇烈頭痛（常為前額痛），體溫在39～40℃間，厭食，繼之出現腦膜刺激征，頭痛加重，頸強直，嘔吐，味覺、嗅覺和視覺障礙，病情迅速惡化，並出現精神錯亂或煩躁不安，可於4～7 天內昏迷死亡。腦脊液中細胞(主要為單核細胞)增多，蛋白質增高，糖正常，在其沉渣中常可找到阿米巴。棘阿米巴的毒力較低，主要引起慢性阿米巴腦炎，多發生於體弱或有免疫缺陷的人，偶可引起急性阿米巴腦炎。慢性阿米巴腦膜腦炎患者常無淡水接觸史，病原體可能從肺或皮膚傷口直接侵入，然後經血行播散到腦。臨床上以精神異常、癲癇發作等癥狀為主，腦膜炎的征象輕而少，額葉底部和嗅球多不受侵犯。病程達1～2個月或更長，常死於腦疝。棘阿米巴也可引起角膜潰瘍和虹膜炎，以致失明；或引起肝、腎等臟器的肉芽腫性病變而產生相應的癥狀。
從病人腦脊液沉渣中找到活的阿米巴滋養體即可確診。吖啶橙染色後用熒光顯微鏡檢查，有助於與白細胞鑒別。也可將患者腦脊液接種到鋪有一層大腸桿菌的瓊脂培養基上，在37℃條件下培養或進行無菌性純培養。二性黴素B治療有效，但毒性大；也有人用滅可納唑與利福平治療；磺胺嘧啶在動物實驗中對棘阿米巴有效。預防措施包括搞好衛生宣傳教育，遊泳池應周期性作高氯化處理，活性氯在0.5～1.0μg/ml可防止棘阿米巴和內格勒阿米巴的生長，1小時可殺死內格勒阿米巴的包囊，但不能殺死棘阿米巴的包囊。