明(1368～1644)統治者早在反元起義時就註意檔案管理。朱元璋多次明令部下收集元代檔案，獎勵攜檔案降明的元將。為加強檔案管理，洪武元年(1368)在宮中特建大本堂以保藏從元代官府收集的檔案。以後置天下諸司架閣庫、五軍都督府照磨所，並增設管理六部檔案的照磨與管勾人員。洪武二十四年派監生百餘人到各佈政使司"考校諸司案牘"，加強中央和地方官府檔案冊籍的管理。
明代檔案庫不僅遍及全國，而且規模、建築技術、管理工作都有相當水準平。洪武十四年朱元璋親自籌劃在南京後湖(今玄武湖)的中心小島上建造中國封建社會規模最大的檔案庫──後湖黃冊庫，專藏全國賦役黃冊與魚鱗圖冊。後湖黃冊庫與明代相始終，至明末庫藏黃冊達179 萬餘冊之多。明初還在宮內建古今通集庫，收藏皇帝給功臣、將領、藩王、駙馬等的誥封、鐵券和官員的誥封底簿等檔案，由太監掌管，是皇帝的禦用檔案庫。嘉靖十三年(1534)在東苑(今紫禁城外東側)仿古代石室金匱之制，建造瞭全用磚石砌成的宮殿式的檔案庫──皇史宬。專藏皇族的玉牒、歷代皇帝的實錄和聖訓。皇史宬在建築技術上具有適合保存檔案的各種特點，反映瞭中國古代高超的建築水平和保護檔案技術的知識。明代地方普遍設有黃冊庫、架閣庫、案牘庫，有的庫房建築也有相當規模。如江西佈政使黃冊庫，一次修建庫房50間，廳事 3間。太平府架閣庫，一次修庫三連各五楹，"左藏黃冊，右藏案牘"，收貯的檔案很多。在庫房建築上，註意"鑿池蓄水"，"佈地以沙"，"覆沙以板"，利於防火、防鼠和防潮。
明代檔案的利用，除日常政務活動外，主要用來編纂各朝實錄，匯編法令典章如《明大誥》、《明會典》以及撰修歷史。
明代檔案大都毀於戰火，保存下來的僅數千件，主要存於中國第一歷史檔案館和遼寧省檔案館，臺北故宮博物院也有一些。
清(1644～1911)在入關前就開始積累保存檔案，存留至今的有滿文老檔和滿文木牌等。入關後建立起全國政權，各項制度進一步完備，中央和地方衙署設有典籍廳、滿本房、漢本房、檔房等文書檔案機構。皇史宬仍被沿用為保存清代實錄、聖訓和玉牒的皇傢禦用檔案庫，嘉慶時進行瞭重修。中樞機關內閣設內閣大庫除保存內閣形成的承宣、進呈的日行公事檔案外，有官修實錄、聖訓、玉牒、會典的稿本，修書征集的檔案，以及盛京(今沈陽)移來的舊檔，庫藏極其宏富。內閣還設有副本庫，建於嘉慶朝，專藏內閣的題本副本。清代設軍機處，其檔案多而機密，為慎重保管特設大庫，稱方略館大庫，由軍機章京掌管。清代國史館也設有檔案庫，稱國史館大庫，主要保管為修史而征集來的檔案。上述檔案庫集中瞭清代最重要的、數量也是最多的檔案。
清代在整頓吏治、裁革書吏、保護檔案、加強管理中，建立瞭各種檔案管理制度。如繳回硃筆制度、副本收存制度、修檔制度、清檔制度以及檔案的整理、移交、清查、保密制度等。
清代凡國傢舉行大典，都要查考檔案，日常政務活動參閱檔案更是頻繁，據《樞垣記略》載： 嘉慶元年(1796)以來，所奉漢字諭旨、寄信及議復等項檔案繁多，歷年隨帶翻閱查考利用，間有擦損。在編纂各種史志中檔案利用也很廣泛。清代的實錄館、玉牒館、會典館、明史館、三通館、律例館和修志館，都收集瞭各類檔案。清代編修史志之勤，數量之多，種類之繁，卷帙之眾超過歷代，現存志書百分之八十為清代所修。清代方志學傢章學誠，在長期修志實踐中，提出瞭"案牘"(檔案)是方志之骨，他主張州縣應設立 志科進行檔案的收集、整理工作，並將"分科別類"的檔案妥善保管在"藏室"(檔案庫)中，然後訪能文理而通史裁者編纂成志書。他的思想觀點，對中國檔案學的萌芽和形成具有重要意義。
18世紀末19世紀初，世界資本主義迅速發展，清政權日趨腐敗。1840年鴉片戰爭後推行變法新政，學習近代科學技術以挽救滅亡，各種新檔案如科學技術檔案、財經檔案、教學檔案、電報檔案、照片、影片、錄音檔案等應時而生。對舊的檔案管理方法也進行瞭改革，擴大瞭檔案的公佈利用，創辦瞭《官報》、《政治官報》，通過公佈檔案，使"海內士庶，於國傢要政皆能瞭徹大勢"。另一方面，清朝統治的腐朽也暴露在檔案管理上，如內閣大庫年久失修，大宗檔案黴損破壞；帝國主義在歷次侵華戰爭中掠奪破壞瞭京師衙署檔案、東北和廣州的官署檔案；侵略者還以文化交流、傳教考察、探險考古為名，潛入中國內地，盜竊、掠奪瞭包括殷商甲骨、兩漢簡牘、唐代文書以及近代機關檔案。特別是英人M.A.斯坦因，於1900～1906年幾次深入新疆、甘肅一帶，從古代遺址、古代檔案庫竊取瞭大批漢文、梵文、藏文和其他文字的各種公私文書、契約、稿本檔案，使中國古代檔案遭到嚴重損失。保存下來的明清以前的檔案大都藏於圖書館、博物館，明代和清代檔案則多存於各級檔案館。今中國第一歷史檔案館有明清中央機關的檔案一千餘萬件，臺北故宮博物院約有40萬件。
在清代晚期曾建立太平天國(1851～1864)農民政權，形成自己的文書和檔案管理工作。在朝內、軍中和地方都設有檔案機構和人員，詔書衙就是主管詔旨、編纂歷史、儲集人才、匯總檔案的機構。從天王府到將軍府，設有六部尚書、六部書、六部掌書等負責記錄和保管文書、檔案的人員。太平天國的檔案"不藏於皇史宬，而頒於民間"，即充分利用檔案進行宣傳教育為革命鬥爭服務。太平天國失敗後檔案留存很少，現存於國內外檔案館、博物館、圖書館的原件、抄件和刊本僅有400多件(見太平天國文書)。