中國綜合性歷史檔案館。集中管理中華民國時期(1912～1949)各個政權的中央機關及其直屬機構檔案。成立於1951年2月，原名南京史料整理處，隸屬中國科學院近代史研究所。1964年改隸國傢檔案局，並易現名。館址在南京市中山東路。內部業務機構有保管部、利用部、整理編目部、技術部、編研部、電腦中心、全國民國檔案資料目錄中心、《民國檔案》雜誌社。
館藏檔案卷帙浩繁，至2003年底，共收藏檔案932個全宗180多萬卷，排架長度5萬米。分為5大類管理：①南京臨時政府、廣州大元帥府、廣州國民政府和武漢國民政府的檔案，共3個全宗，600餘卷。②北京民國政府檔案（北洋檔案），共70餘個全宗，15萬餘卷。③南京國民政府檔案，近700個全宗，130萬餘卷。④日偽政權檔案，共102個全宗，12萬餘卷。⑤名人檔案，共46個全宗，6 000餘卷。另外，還存有民國時期圖書資料25萬冊和部分報紙。
所藏檔案從1980年起對外開放。至2003年底，前去查閱的海內外人士已達32萬人次，查閱檔案100餘萬卷次。此外，一個以民國檔案資料展覽為主體的愛國主義教育基地於2003年建成開放；一個擁有全國31個省、自治區、直轄市及其所轄縣級以上檔案館的民國檔案資料信息的“目錄總庫”正在建設中。先後有《中華民國史檔案資料匯編》、《中國第二歷史檔案館指南》、《中華民國歷史圖片檔案》等20多部編研成果出版。1985創辦瞭國傢級期刊《民國檔案》（季刊）。多次舉辦國際或全國性的民國檔案與民國史學術研討會。