以立法手段防止在植物及其產品的流通過程中傳播有害生物的措施。目的在於防止植物病原物、害蟲、雜草等有害生物傳入或傳出一個國傢或地區，保障一個國傢或地區農林生產的安全和農產品貿易的信譽。一般由國傢制定法律和設置專門機構，依法對進出口(或過境)以及在國內運輸的植物及其產品進行檢疫檢驗，發現帶有有害生物時，即採取禁止或限制出入境等安全措施。
植物檢疫是植物保護工作的一個重要方面，但又與植物保護的其他各類防治措施不同。其特點是從宏宏觀整體上預防一切（尤其是本區域范圍內所沒有的）有害生物的傳入、定植與擴展，因而，一些國傢常把植物檢疫與植物保護並列。同時由於它具有法律強制性，而往往在國際文獻上把“法規防治”、“行政措施防治”等當做植物檢疫的同義詞使用。
起源與發展 植物檢疫的傳統概念，是從預防醫學借用的。“檢疫”(quarantine)一詞的拉丁原文為quadra-ginta，本意是40天。1403年威尼斯共和國規定來自鼠疫流行地區的抵港船隻必須滯留停泊40天，在此期間對船上全部人員進行強制隔離，以便使疾病通過潛伏期而得以表露，無病者才允許登陸。後quarantine就成為檢疫的同義語。
在農業上，防止病蟲害傳播的早期法規是1660年法國盧昂地區為瞭控制小麥稈銹病流行而提出的有關鏟除小檗（小麥稈銹病菌的轉主寄主）並禁止其輸入的法令。19世紀40～70年代，由於一系列災難性病蟲的遠距離傳播，造成愛爾蘭馬鈴薯晚疫病的大流行，葡萄白粉病、葡萄根瘤蚜和葡萄黑腐病的相繼發生，以及為害柑橘的吹綿蚧從澳大利亞傳入西歐等，逐漸使越來越多的國傢重視采用檢疫措施以保護農業。1873年德國明令禁止美國的植物及其產品進口，以防止毀滅性的馬鈴薯甲蟲傳入。1877年英國也為此而頒佈瞭禁令。隨後，歐洲、美洲、亞洲其他一些國傢以及澳大利亞等紛紛制定植物檢疫法令，並成立瞭相應機構執行檢疫任務。當前世界上絕大多數國傢都已制定瞭自己的植物檢疫法規。
檢疫法規的制訂與實施 檢疫法規以某些病原物、害蟲和雜草等的生物學特性和生態學特點為理論依據，根據這些有害生物的分佈地域性、擴大分佈為害地區的可能性、傳播的主要途徑、對寄主植物的選擇性和對環境的適應性，以及原產地自然天敵的控制作用和能否隨同傳播等情況制訂。其內容一般包括檢疫對象、檢疫程序、技術操作規程、檢疫檢驗和處理的具體措施等，具有法律約束力。法規對進口植物材料的大小、年齡和類型，檢疫對象的已知寄主植物、轉主寄主、第二寄主或貯主，包裝材料，以及可以或禁止從哪些國傢或地區進口、隻能經由哪些指定的口岸入境和進口的時間等，也有相應的規定。除國傢制訂的法規外，國際間簽訂的協定、貿易合同中的有關規定，也同樣具有法律約束力。現在國際上通行的植物檢疫法規，有綜合的和單項的兩種形式。
檢疫對象的確定 凡屬國內未曾發生或僅局部發生，一旦傳入對本國的主要寄主作物為害較大而目前又難於防治的，以及在自然條件下一般不可能傳入而隻能隨同植物及植物產品，特別是隨同種子、苗木等植物繁殖材料的調運而傳播蔓延的病、蟲、雜草等，應確定為檢疫對象。確定的方法，一般是先通過對本國農、林業有重大經濟意義的有害生物的危害性進行多方面的科學評價，然後由政府確定正式公佈。有的是總的列出統一名單，在分項的法規中針對某種（或某類）作物加以指定；也有的是在國際雙邊協定、貿易合同中具體規定。
檢疫檢驗 按檢驗的場所和方法可分為：①入境口岸檢驗。即對輸入的植物或植物產品，在到達進口港後進行檢驗或抽樣檢驗。②原產地田間檢驗。即在產地植物生長期間的預檢，比入境時檢驗更能有效地制止危險病、蟲、雜草的傳播，是檢驗病毒和其他休眠材料的重要方法。但對某些隱性無癥狀的病毒侵染則不易檢出。③入境後的隔離種植檢驗。主要用於檢驗進口的植物種質材料。方法是在嚴格隔離控制的條件下，對從種子萌發到再生產種子的全過程進行系統觀察，從而檢驗不易發現的病、蟲、雜草，並取得不帶有害生物的種子。
檢疫處理 通過檢疫檢驗發現有害生物後，一般采取以下處理措施：①禁止入境或限制進口。在進口的植物或其產品中，經檢驗發現有法規禁運的有害生物時，應拒絕入境或退貨，或就地銷毀。有的則限定在一定的時間或指定的口岸入境等。②消毒除害處理。對休眠期或生長期的植物材料，到達口岸時用農藥進行化學處理或熱處理。③改變輸入植物材料的用途。對於發現疫情的植物材料，可改變原訂的用途計劃，如將原計劃用於播種的材料在控制的條件下進行加工食用，或改變原定的種植地區等。④鏟除受害植物，消滅初發疫源地。一旦危險性有害生物入侵後，在其未廣泛傳播之前，就將已入侵地區劃為“疫區”嚴密封鎖，是檢疫處理中的最後保證措施。
此外，在國內建立無病蟲種苗基地，提供無病蟲或不帶檢疫性有害生物的繁殖材料，則是防止有害生物傳播的根本性措施。
中國植物檢疫概況 中國的植物檢疫始於20世紀30年代。原實業部商品檢驗局曾制訂“植物病蟲害檢驗實行細則”，於1934年10月公佈實行，但僅在上海、廣州等少數口岸執行。1949年以後，在對外貿易部商品檢驗局下設置瞭植物檢疫機構，建立瞭全國統一的植物檢疫制度，頒佈瞭“輸出輸入植物病蟲害檢驗暫行辦法”，並陸續在全國海陸口岸開展對外植物檢疫工作；國內植物檢疫則由農業部管理。1965年起，對外檢疫和國內檢疫統由農業部管理。1966年頒發瞭“執行對外檢疫的幾項規定”和對外檢疫對象名單，相繼制訂瞭“植物檢疫操作規程”，並在各重要口岸陸續建立瞭動植物檢疫所。80年代初原農牧漁業部專門設置瞭中華人民共和國動植物檢疫總所。截至1986年，在國際通航港口、機場、陸地邊境、國界江河的口岸已設立瞭植物檢疫機構40餘處，在大多數省的省會和自治區首府設立瞭植物檢疫站近20處，縣以上的國內檢疫機構1600餘處。1978年還重新建立瞭植物檢疫實驗所。經1986年1月修訂的中國進口植物檢疫對象名單，包括菜豆象等害蟲28種、松材線蟲等線蟲6種、櫟枯萎病等病原真菌15種、梨火疫病等病原細菌3種、可可腫枝病等病毒類病原物6種，以及五角菟絲子等雜草3種。同時還首次公佈瞭包括玉米、大豆種子、馬鈴薯種薯等6類植物在內的禁止進口的植物名單。中國自50年代以來曾先後與捷克斯洛伐克等10個國傢簽訂瞭有關植物檢疫的雙邊協定。臺灣省的植物檢疫工作仍隸屬於臺灣當地的商品檢驗局系統，並在高雄、基隆、新竹、花蓮、臺中和臺南等地設有分局辦理進出口植物檢疫和產地檢疫業務。