研究熱帶海洋為主的綜合性海洋研究所。位於廣州。創建於1959年初,1962年改為中國科學院海洋研究所南海分所,1966年恢復為中國科學院南海海洋研究所。

  研究所下設海洋水文氣象、海洋物理、海洋化學、海洋生物、實驗生物、海洋地質構造和地球物理、海洋沉積、海岸河口和海洋儀器等9個研究室,並設有分析測試中心和電腦室。此外,在汕頭、湛江、海南島鹿回頭及大亞灣等地建立瞭臨海實驗站,擁有“實驗二”號、“實驗三”號兩艘調查船。

  該所主要研究方向是南海及鄰近大洋的海洋學特征和資源的綜合調查研究。研究領域包括海洋環境、海-氣相互作用、地質演化、生態系統、水域生產力、實驗生物學、河口海岸過程與河口化學,以及海洋開發新技術的應用等。建所以來,取得的調查與研究成果主要有華南沿海第四紀地質和新構造運動;南海北部大陸架石油開發區的基底結構;廣東核電站選址;華南主要港口工程水動力結構和泥沙運移;西沙、中沙、南沙群島及鄰近海區,南海中部、東北部和南部海區,以及大亞灣海域生物生產力和資源生物學的綜合調查研究;珠江河口化學特征。並對中華烏塘鱧、合浦珠母貝、大珠母貝珍珠、江籬和紫菜的人工育苗、養殖的生物學關鍵問題進行研究,獲得重要成果。該所編輯出版的學術刊物有《南海海洋科學集刊》和《熱帶海洋》。