用以殺滅病原微生物或抑制其生長的化學物質。“消毒藥”指能迅速殺滅病原微生物的藥物；“防腐藥“指能抑制病原微生物生長繁殖的藥物。但消毒藥在低濃度時僅能抑制微生物生長，而防腐藥在高濃度時也可殺滅微生物，兩者常無嚴格界限，故常相提並論。消毒防腐藥與抗生素及磺胺等不同，被人體吸收後，在抑制或殺滅病原微生物的濃度下，對人體即能造成損害，故不能全身用藥。對各種微生物亦無明顯的選擇性作用，本類藥主要用於體表（皮膚、粘膜、創面）、機械及周圍環境的消毒防腐，以預防或治療各種種微生物所致的感染。廣泛用於臨床各科疾病預防及戰場救護。
消毒防腐藥種類甚多。作用機理也各不相同。有的能使蛋白質凝固或變性(大多數消毒防腐藥，如酚類、醇類、醛類、酸堿類、重金屬鹽類，均屬此類)，有的能幹擾微生物的重要酶系統（如重金屬鹽類、氧化劑、鹵素類、染科類），有的能改變微生物細胞膜的通透性，使胞內物質外滲，細胞破裂或溶解（如酚類、表面活性劑）。消毒防腐藥的作用除受其本身理化性質的影響外，還受許多其他因素的影響。濃度越高，作用時間越長，則效果越好，但對人體組織的刺激性也越大。溶劑對藥物的作用也有影響，如苯酚水溶液的殺菌力強，而其甘油或油溶液的殺菌力很弱。碘的酒精溶液（碘酊）對人體組織刺激性強，而碘的甘油溶液（碘甘油）刺激性弱，可用於口腔及咽喉粘膜。因此消毒防腐藥使用時要選擇適當的濃度、作用時間及溶劑。一般環境溫度高則消毒防腐藥效力亦增加。酸堿度和濕度對某些消毒防腐藥有明顯影響。膿、血、蛋白質等有機物質可包埋微生物使之不易受藥物的作用，故可降低藥物的效力，重金屬鹽能與蛋白質結合降低效力。因此用消毒防腐藥處理創面或消毒物品時，必須先清除膿、血等物質。不同的微生物對不同的消毒防腐藥的敏感性各異，如病毒一般對堿類敏感，對酚類耐藥。消毒防腐藥易殺滅處於生長繁殖期的細菌而不能殺死芽孢。有些藥物之間可相互影響，如陽離子和陰離子表面活性劑共用，其消毒作用即減弱。碘酚與紅汞同用可產生有毒性及腐蝕性的碘化汞。在環境消毒時可選用殺滅微生物能力強大的漂白粉、苯酚、甲醛。人體粘膜、眼鼻周圍皮膚、肛門、會陰等處應選用刺激性小的藥物（如消毒凈、利凡諾爾、新潔爾滅）。
常用的消毒防腐藥可分為以下幾類。
酚類 可使蛋白質變性，苯酚（石炭酸、酚）應用最早，1865年J.利斯特即將苯酚用於外科消毒。但對組織有刺激性。煤酚（甲酚）為三種甲基酚異構體的混合物，毒性較苯酚小而抗菌作用強。其50％肥皂溶液稱煤酚皂溶液（來蘇兒），為常用的消毒藥，用於洗手、皮膚、器械及病人排泄物的消毒。間苯二酚（雷瑣辛）可殺細菌及真菌，用於癬、銀屑病、濕疹、脂溢性皮炎等。六氯酚可用作皮膚表面抗菌藥。松餾油為松樹、杜松等幹餾而得的棕黑色粘稠液體，主要成分為松節油、木餾油、酚、二甲苯、乙酸、萘、醋酮、愈創木酚等。有止癢、防腐、溶解角質、促進吸收的作用，用以治療濕疹、銀屑病。魚石脂（依克度）棕黑色，軟膏樣，含硫，其10％軟膏用以治療癤腫。
醇類 能使蛋白質變性。乙醇(酒精)最常用。70％（重量百分比濃度）的乙醇殺菌力最強，濃度過高則菌作表層蛋白質迅速凝固，妨礙藥物向內滲透，反影響殺菌作用。乙醇主要用於皮膚消毒、器械消毒、物理降溫、防止褥瘡等。苯氧乙醇對綠膿桿菌有較強的殺滅作用。
醛類 殺菌作用強於醇類、甲醛（蟻醛）作用最強，能使蛋白質變性，可殺滅細菌（包括芽孢）、病毒，對皮膚刺激性強。其40％水溶液稱為福爾馬林、甲醛用於消毒房舍、衣物、傢具、器械。10％福爾馬林用以固定解剖標本、保存疫苗、血清等。烏洛托品為甲醛與氨縮合而成，本身無抗菌作用，口服後由腎排出，在酸性尿液中析出甲醛發揮抗菌作用。20％烏洛托品溶液局部應用可治癬。烏洛托品粉劑外用可止腳汗。
酸類 殺菌力不強。苯甲酸(安息香酸)常用作食品防腐劑，可與水楊酸配伍治療真菌感染如癬。乙酸（醋酸）可洗滌創面，沖洗陰道，配合治療陰道滴蟲病。水楊酸用以治癬、疣、雞眼。硼酸水溶液可沖洗皮膚、粘膜傷口及角膜，或作含漱液。酒精溶液治外耳道真菌病，硼砂即硼酸鈉，作用似硼酸，常制成含漱劑治療口腔感染。乳酸熏蒸用於空氣消毒、十一烯酸和十一烯酸鋅常合成，如制成軟膏（腳氣靈）治療足癬。
鹵素類 碘能使蛋白質變性，有強大的殺細菌、病毒、真菌、阿米巴的作用。2％碘酊為2％碘、1.5％碘化鉀(或碘化鈉，它們有助於碘的溶解)的稀酒精溶液用於皮膚消毒。5～5.5％碘酊用於手術部位皮膚消毒。碘對皮膚有刺激性，甚至可引起發熱和全身皮疹，故塗碘酊的皮膚稍幹後要用70％酒精脫碘。碘酊不可與紅汞同用，以免產生腐蝕皮膚的碘化汞。碘甘油用於口腔感染。碘應用於飲水消毒。漂白粉(含氯石灰)是次氯酸鈣、氯化鈣、氫氧化鈣的混合物。加入水中即生成有殺菌能力的次氯酸及次氯酸離子。主要用於消毒飲水及排泄物，漂白粉硼酸溶液(攸瑣)可用於灌洗化膿病灶，對氣性壞疽病損有效。達金氏液含漂白粉、碳酸氫鈉、碳酸鈉，可用以沖洗腐敗性創傷。氯胺含有效氯（具有消毒能力的氯占總量的百分比）12％，用以消毒飲水、餐具及各種器皿及沖洗創口、粘膜。
氧化劑 與有機物相遇即放出初生態氧、使微生物體內活性基團氧化。過氧化氫溶液（雙氧水）為無色透明液體，在組織酶作用下迅速分解放出新生態氧。作用時間短，殺菌力不強，可產生氣泡。3％溶液用於清洗傷口（除去痂皮、敷料），1％溶液用於口腔及扁桃體感染。高錳酸鉀為紫色結晶，易溶於水、水溶液不穩定，用時應新鮮配制，為強氧化劑，用以沖洗創傷，沖洗陰道、坐浴、洗胃、消毒水果等。
染料類 分堿性或酸性染料，酸性染料殺菌作用較弱。此類藥與細菌蛋白質結合而影響其代謝。龍膽紫、甲紫、晶紫，為堿性染料，可通用，能殺滅革蘭氏陽性菌及許多真菌。用於皮膚、粘膜傷口感染、潰瘍。龍膽紫又可治蟯蟲病。吖啶染料如利凡諾爾，為黃色結晶性藥，可溶於水，對革蘭氏陽性菌及少數革蘭氏陰性菌有抑制作用，用於創傷的洗滌及濕敷。
重金屬化合物 能與細菌蛋白質結合使之沉淀，從而發揮抗菌作用。汞化合物如：升汞，有毒性，不用於創傷，主要用以消毒非金屬器皿。氯化氨基汞(白降汞)用以治療膿皮病及皮膚真菌感染。黃氧化汞（黃降汞）的1％ 眼膏用於皰疹性結膜炎、角膜炎、瞼緣炎。汞溴紅（紅汞、220）為有機汞制劑，常用抑菌，作用不強，用於皮膚、粘膜傷口的消毒，常用其2～4％水溶液(紅藥水)。硝甲酚汞（硝基汞煤酚、米他芬）用於器械、手術野皮膚消毒，眼及尿道灌洗。硫柳汞（硫汞柳酸鈉）用於皮膚粘膜消毒及器械消毒。
銀的無機化合物有收斂、腐蝕、抗菌作用。硝酸銀的0.25％或0.5％溶液用以治療急性結膜炎、瞼緣炎和預防新生兒淋菌性結膜炎，滴眼後即用生理鹽水沖洗。5～10％溶液用於口腔創面，20％溶液用於子宮頸糜爛。硝酸銀結晶或硝酸銀棒用於口腔阿弗他或腐蝕肉芽組織，用後以生理鹽水沖洗。弱蛋白銀和強蛋白銀隻有抑菌作用，用以治療結膜炎，預防新生兒淋菌性結膜炎。
硫酸銅(膽礬)對粘膜有收斂、刺激、腐蝕作用，對細菌作用弱，對真菌作用強、0.5％水溶液用於沙眼、結膜炎，口服可催吐。硫酸鋅（皓礬）作用似硫酸銅而較弱，0.3～0.5％溶液用於結膜炎。氧化鋅不溶於水、與硼酸、滑石粉配成撒佈劑（如痱子粉）、糊劑或軟膏劑，皮膚科用以治療濕疹等。爐甘石含堿性碳酸鋅及少量氧化鐵，有輕度收斂作用。爐甘石洗劑用於濕疹等皮膚病，有止癢之效。
表面活性劑 能降低表面張力，如油、水兩種液體之間的表面張力，使之乳化，易於除去；又能吸附於菌體表面，改變細胞壁通透性，使細胞內容物逸出，從而發揮殺菌作用、又分為三類：陽離子表面活性劑（抗菌譜廣）、陰離子表面活性劑(僅對革蘭氏陰性菌有效)及不遊離的表面活性劑(隻有清潔作用，無殺菌作用)。陰、陽離子表面活性劑的作用可互相抵消，不可同用。
新潔爾滅（溴芐烷銨）為陽離子表面活性劑，作用強而快，毒性低，應用廣。用於手術前洗手、器械消毒、皮膚消毒、真菌感染、粘膜消毒。消毒凈也是陽離子表面活性劑，對革蘭氏陽性及陰性菌作用均強於新潔爾滅，用途似新潔爾滅。
杜滅芬（度米芬、消毒寧）作用亦似新潔爾滅，可制成喉片治療咽炎。創必龍對葡萄球菌作用較強。洗必泰（雙氯苯雙胍已烷、氯苯胍亭）作用強於新潔爾滅及杜滅芬，毒性小，無刺激性。用於術前泡手、手術野準備、創傷沖洗、器械消毒等。
環氧乙烷 室溫下呈無色具醚味的氣體，低溫下為無色液體。置於藥罐保存。為廣譜殺菌藥，有毒。置消毒袋內進行消毒，主要用以消毒其他滅菌技術易損壞的電子器械、醫療器械、生物制品、衣服、紡織品等。