按照立檔單位的內部組織機構將全宗內檔案分成若幹類別的方法。這種分類方法能客觀地反映立檔單位及其各個組織機構分工活動的狀況，較好地保持全宗內檔之間來源方面固有的聯繫，便於從職能活動方面歷史地研究問題；也能保持檔之間在內容上的主要聯繫，在一定程度上有助於利用者按照某方面的專題查找和利用檔案。按組織機構分類，在類目的設置和檔的歸類方面有比較明顯的客觀標準，可以避免或減少因認識水準不同而產生分類不一致的缺點。它是簡便易行的一種經常採用的檔案分類法。
組織機構分類法的類別設置以立檔單位的第一層內部機構設類，需要時也可以分到第二層機構。有一個機構設置一個類，組織機構的名稱就是類名。按組織機構歸類時，涉及幾個機構的文件，在一個立檔單位內應當有統一的規范，將文件有規律地分入相應的類別以便於查找。以機關行政名義發的文件，應歸入行政某機構內；內部業務機構起草而以機關名義發的文件，應歸入機關的中心機構(辦公廳、室等)；幾個機構聯合辦理的，應歸入主辦機構，也可歸入“退存”的機構或最後承辦機構。