在對被審計單位的內部控制制度加以評價的基礎上進行的專門審計。從20世紀40年代起，制度基礎審計逐步成為審計方法發展的主流。它的特徵主要體現在審計過程的計畫和實施階段。①運用詢問、檢查、觀察、穿行測試等審計程式，對被審計單位的內部控制進行瞭解，弄清楚被審計單位的內部控制是怎樣設計的、是否得到執行，初步評估控制風險，並及時作適當記錄。②如果控制風險的初步評估水準較低，還需運用詢問、檢查、觀察、重新執行等審計程式，對擬信賴的內部控制進行測試，以確定內部控制設計的的適當性與運行的有效性，進一步評估控制風險。③根據固有風險和控制風險的綜合水平，確定可接受的檢查風險，進而決定實質性測試的性質、時間和范圍，運用檢查、監盤、觀察、查詢及函證、計算和分析性復核等審計程序，對會計報表數據進行評價和鑒定。