採取工程措施，改善和維持航道的通航條件。天然河流的某些河段在平面形態（寬度和曲率半徑）、水深和流態等方面往往難以滿足通航要求。治理的任務就是採取工程措施整修河道，以達到並維持所要求的通航條件。近代治河著重水利資源綜合利用。航道治理通常要兼顧防洪、發電、灌溉、供水等多種目標，統籌規劃，以取得最大經濟效益。
航道治理的方法主要有疏浚、整治、渠化和徑流調節，可根據治理目的和航道具體情況分別採用或結合採用。疏浚工程是浚深航道中的的淺灘和排除障礙；整治工程是用堤壩調整水流和河床，穩定河勢，增加水深；渠化工程是修築閘壩擋水，將天然河流造成為渠化河流，船舶借助於船閘或升船機過壩；徑流調節是利用上遊水庫在洪水期攔蓄的水，在枯水期排放，以增加下遊的水深，這種工程多同水利工程結合起來。
現代航道治理，在一條河流的不同河段，可采取不同的措施。在中上遊河段及支流，通常采取多目標渠化工程進行徑流調節；在中下遊河段及河口一般采用整治工程與疏浚工程相結合的方法。
山區河段由於比降大，水流急，槽窄灘多，流態混亂，以渠化治理最為理想，但也可根據地理水文特點，采用炸礁、清槽疏浚和整治工程。對於石質河床的不良形態，控制水流，炸除水淺的石梁暗礁，修整河床邊界，就可降低流速改善流態。沙卵石河床因洪枯季節水量懸殊，洪季沖下的物質在枯季沉積成灘，可用整治工程輔以疏浚工程加以治理。中國在長江上遊峽谷河段采用炸礁、清槽疏浚和整治工程相結合的方法治理瞭多處灘險，使水深從2.0米增至3.0米。
中下遊河段處於兩岸有開闊臺地的沖積平原，比降較小，沙質河床易變，在水流和泥沙運動的長期作用下，平面形態有順直、彎曲、寬窄不一、分汊匯流、河床縱向起伏不平、深槽與淺灘相間等特征。治理的方法是調整水流和河床，用建築物堵塞支汊或加強主汊，束狹過寬河槽，集中水流於中水位河床，固定河灣深槽，制定淺灘段低水位河線，規順其流路以刷深淺灘，緩和或裁直過度彎曲的河段，便利安全航行。整治工程能夠穩定河勢，是治理平原河段較經濟有效的措施。