水庫蓄水使水庫周邊地帶的地下水壅高，引起土地鹽鹼化、沼澤化等次生災害的現象。地下水壅高可使毛管水抬升，當其上升高度達到建築物地基或農作物和樹木的根系，且持續時間較長時，將產生浸沒問題。浸沒可使農田作物減產，工礦企業和民用建築物地基條件惡化而損壞，礦井湧水量增加，鐵路、公路發生翻漿、凍脹，有時還影響水庫正常蓄水位或壩址的選擇。水庫浸沒是不可忽視的一種環境地質問題。例如，中國河北官廳水庫1955年8月蓄水後，受庫水頂托，使原媯水河北岸北辛莊的地下水位上升2.77m，甘子堡上升2.2m，媯水河南岸太平莊上升4m，西榆林村上升3m，定州營上升1.7m，因而發生鹽堿化和沼澤化，造成沿庫地區農作物及果樹減產以至部分澇死、房屋倒塌、墻垣開裂等浸沿災害，個別地段浸沒帶寬達3km。雲南水槽子水庫蓄水76天後，庫水沿灰巖巖溶通道向庫外的那姑盆地滲漏，在距庫3km的白霧三村一帶湧出地表；其後不久，庫外13km的蒙姑一帶，許多農田和房屋也受到浸沒影響。
易於發生浸沒的條件 ①平原型水庫的周邊地帶和壩下遊地區；②盆地型水庫邊緣平地與山前洪積扇、洪積裙相接的地帶；③地下水埋藏較淺、地表水或地下水排泄不暢的庫岸地帶，庫岸附近的封閉或半封閉的窪地，以及沼澤的邊緣地帶；④與水庫滲漏通道相連的鄰谷窪地等。
不致發生浸沒的條件 主要有：①庫岸由相對不透水層組成，或研究地段與庫岸間有相對不透水層阻隔，且其頂板高於水庫設計蓄水位；②研究地段與庫岸間有常年流水的溪溝或泉水，且其水位高於或接近設計蓄水位；③研究地段原來地下水位高於或等於設計蓄水位。
研究步驟 一般是：①在工程地質測繪的基礎上，針對水庫區可能浸沒地段，選擇代表性剖面進行勘探和試驗，瞭解地層結構，各層土的性質、厚度、滲透系數、含鹽量、給水度、毛細水飽和帶高度，地下水類型、水位、水質及補給量等。②根據模型試驗成果、地下水壅高計算或類比法，預測地下水壅水位。③調查並確定農田和各類建築物的地下水臨界深度（即浸沒標準）。它與當地的氣候、土質、地下水的礦化度、作物種類、耕作方法、灌溉和排水措施，以及建築物特性、基礎類型和砌置深度等因素有關。④作出與水庫設計蓄水位和持續時間較長水位相對應的浸沒范圍和浸沒程度預測圖。由於地質條件的復雜性，地下水壅高值的計算結果與實際情況常有出入。因此，圈定浸沒范圍時常需增加安全裕度。⑤選擇典型地段，從水庫初次蓄水之前，即要開始進行地下水位和浸沒范圍的長期觀測(見庫區浸沒觀測)。以後按已發生的浸沒情況、計劃的次年最高蓄水位和持續時間，預測浸沒變化，以便及時采取措施，合理利用土地和減少損失。
防治措施 應從降低地下水位入手，根據水文地質條件和長期觀測成果，佈置排滲和疏幹工程。對農田可按水、土、鹽等具體條件，采取工程與農業措施（如改變作物種類和耕作方法）相結合的綜合治理方案。