運用社會、經濟和技術的手段，協調社會經濟發展與水質保護的關係，以維護水體使用價值。水質包括天然水水質和人類影響造成的污染水水質兩種。水質管理是針對後者而言。隨著社會經濟的迅速發展，用水量迅速增加，未經處理和未達到排放標準的污水任意向水體排放，使水體受到污染，水質變壞，以致局部地區（如工農業發達地區、大中城市等）適用的淡水資源供給不足，甚至人畜飲水發生困難。水體污染破壞水資源和生態系統，使生物（尤其是水產）資源減少，水的利用價值降低，情況嚴重的是有水不能用或或造成社會公害（例如在日本發生的水俁病和骨痛病等）。水體的水質與流域的自然特點、水體自凈能力、污染源分佈及其密度、排污成分及其數量等多種因素有關，也與各用水排水的部門和單位密切有關。因此，水質管理工作內容廣泛、復雜，需要社會、經濟和科學技術各有關領域密切配合，利用各種力量采取措施方能奏效。水質管理措施主要有三類。
社會措施 其中包括：①設置水質保護機構，從國傢到地方建立水質管理體系。運用行政手段，經常監督檢查工礦、企業、事業等單位的排污和污水處理裝置的運轉等情況；審查新建擴建工程的設計及其對水環境的影響，檢查其中的污水處理設備等；限制排污，維護水質目標。②制訂防止污染，保護水質的法規、條例、方針、政策等，使管理工作有章可循，有法可依。日本於1970年制訂瞭《水質污染防止法》；聯邦德國自1957年以來先後制訂瞭《水法》和《有害物質排放法》；歐洲萊茵河沿岸五國1976年共同簽訂瞭《歐洲經濟共同體水系保護方針》；美國在1972年制訂瞭《聯邦水污染控制修正法》；中國於1979年頒佈瞭《中華人民共和國環境保護法（試行）》，1984年5月頒佈瞭《中華人民共和國水污染防治法》。③廣泛進行宣傳教育，利用報刊、電臺、文藝等各種社會輿論工具和學校教育，宣傳水質保護的重要意義，傳播水資源保護的基本知識，使每個單位、各級幹部和每個公民增加水質保護的知識，自覺維護水質。
經濟措施 包括獎勵綜合利用、變廢為寶的技術開發，資助水資源保護事業；實行排污收費、超過標準排放者罰款和因污染(如事故排污)而造成損失者賠款。前者是鼓勵性措施，易被接受。後者是強制性措施，有時會遇到阻力。法國和荷蘭等國發生過拒絕付費的情況。因此法國於1976年規定瞭一種新的收費辦法，即政府不直接征收排污費，而是把排污收費加到給水收費中，由供水企業收繳後再轉付給流域機構。日本規定瞭“污染負荷量稅金”，且稅率逐年提高。中國也實行排污收費制度。
技術措施 主要內容有:①水質監測和水質評價，掌握水體水質變化，為科學管理水質及時地提供信息。②制訂水質標準。包括水環境質量標準(管理水質的目標)和水污染物排放標準(實現水環境質量標準的手段)，為水質管理提供執法的科學依據。③水質預測。掌握水質變化趨勢，及時采取控制措施，防止污染事故的發生，為水質規劃提供水質變化趨勢的信息。④水質規劃。為水質管理提出目標和相應的措施，如興建污水處理廠，污水生態利用處理和運用水利工程合理調節徑流或引清凈的水沖污稀釋等措施。