佛教唯識學派的重要概念。指產生世界萬物的功能，借自然界植物能產生相應果實的種子之名為名。唯識宗認為，在人們的第八識中具有一種可以變化世界現象的潛在功能。《成唯識論》卷二說：“何法名為種子？謂本識中親生自果功能差別”。“本識”指唯識宗所講的第八識。在八識中，第八識是根本識，故稱為“本識”。第八識裏儲藏的各種各樣能“親生自果”的“功能”，名為“種子”。“差別”表示“種子”種類的繁多。“種子”又分兩類：①“本有”，即本來就有，稱“本有種子”。這種“種子”，雖屬““本有”，但也要隨著“熏習”的力量而不斷地有所“增長”。②“始起”，即由於各種各樣的現行活動，“熏習”第八識，從而在第八識裡留下一種影響──“種子”。這種“種子”是因“熏習”而有，稱“始起種子”或“新熏種子”。這兩類“種子”，是宇宙萬有產生的內在原因。從“種子”的不同作用，又分為兩類：產生人們所共同依存的山河大地的為“共相種”；決定個體自性差異的為“自相種”。此外，根據佛教的解脫論思想，種子還分兩類：能夠導致生死輪回的，屬“有漏”種子（漏，指各種煩惱）；能夠導致出世解脫的屬“無漏”種子。