組織或器官實質內局部膿液積聚的現象。化膿性菌（如葡萄球菌、鏈球菌包括肺炎鏈球菌及厭氧菌等）侵入組織並繁殖，產生毒素，導致局部組織及細胞壞死，並出現以嗜中性粒細胞為主的炎癥細胞及血液中的液體成分滲出。嗜中性粒細胞變性死亡（稱膿細胞）後又釋出大量溶蛋白酶，後者使壞死的細胞液化，終至形成含有大量變性壞死的嗜中性白細胞、壞死組織碎片、纖維蛋白、滲出的液體成分及細菌等的膿液。數日內在膿液的周圍出現早期肉芽組織，膿腫就這樣形成。在機體防禦功能(以及藥物)的作用下，細菌菌受到抑制或被殺死。小膿腫可以被吸收（液體成分可為淋巴管及血管吸收，顆粒部分可為吞噬細胞清除），經由肉芽組織階段而愈合。若機體防微功能低下，細菌毒力較強，又未得合理治療，膿腫即可以逐漸擴大，直至伴發毒血癥（細菌毒素或毒性代謝產物吸收入血引起全身中毒癥狀）、敗血癥（細菌入血，並在血液中生長繁殖、產生大量毒素）或膿毒血癥，以及其他臟器產生多發性膿腫等。表淺膿腫可手術切開放膿或自發破潰到組織或器官外。如果膿腫持續數月或數年不愈時則成為慢性膿腫，其周圍由大量致密的纖維組織包繞，並可有鈣化。這種慢性膿腫愈合困難，有時需要外科手術切除（如某些肺部的慢性膿腫）。
膿腫可在身體的不同部位發生。如肺膿腫、腦膿腫、肝膿腫、膿皮病。