由植物病原真菌引起的病害。約占植物病害的70％～80％。一種作物上可發現幾種甚至幾十種真菌病害。許多真菌病害由於病菌及寄主的不同而有明顯的地理分佈。如炭疽病、疫病等在亞熱帶和熱帶種類多，為害重；黑粉病、葉斑病、菌核病則主要發生在溫帶。主要癥狀是：常見有霜黴、白粉、白鏽、黑粉、鏽粉、煙黴、黑痣、黴狀物、蘑菇狀物、棉絮狀物、顆粒狀物、繩索狀物、黏質粒和小黑點等。病癥的出現與寄主的品種、器官、部位、生育時期、外界環境有密切關係。常見的真菌病有：綿黴菌引起的水稻爛爛秧，腐黴菌引起的幼苗猝倒和瓜果腐爛，疫黴菌引起的煙草黑脛病和馬鈴薯晚疫病，白銹菌引起的白銹病，霜黴菌引起的霜黴病，白粉菌引起的白粉病，銹菌引起的銹病，黑粉菌引起的黑粉病，半知菌類引起的稻瘟病、玉米大小斑病等。
在溫帶，土壤、帶病種子、病殘組織和果樹林木的病枝常是病菌越冬場所；在熱帶和亞熱帶，不少病菌不越冬而越夏。冬季生長的寄主在侵染循環中往往起重要作用，有的病菌終年有危害性。大多數病菌的有性孢子在侵染循環中起初侵染作用，其無性孢子起不斷再侵染的作用。氣流、水流、風、雨、昆蟲均可傳播真菌病害。真菌可直接侵入寄主表皮。一般多采用殺菌劑進行保護性防治，或通過改進栽培管理措施加以防治。