明代初年的都城。1421年遷都北京。明北京城的許多方面就是以明南京城為藍本建造的。
南京歷史上多次建都。三國吳建都於此時稱建業；東晉和南朝的宋、齊、梁、陳建都於此時稱建康（見建康城）。隋滅陳後被毀。唐時建昇州，南唐以昇州為都城，稱江寧府。它比六朝建康城偏南，包進瞭秦淮河、石頭城。宋、元基本上沿南唐城舊規。明建都時，保留元的舊城區為居民、商業區，另在舊城外東側富貴山南填燕雀湖新建皇城和宮城、衙署，然後東臨鐘山麓，北沿玄武湖湖南岸、西岸，西循獅子山、馬鞍山、清涼山西側，南抵舊城南城一線，用瞭21年時間築成一條全長34.3公裡的磚城墻，把建康城、石頭城、南唐江寧城舊址和富貴山、覆舟山、雞籠山、獅子山、清涼山等都包在城內。
南京城的規劃突破方整對稱的傳統都城形制，根據地理條件和當時的實際需要，基本保留和利用舊城，增辟新區。城內東為皇城，中為居民市肆區，西北為駐軍區，各區互不幹擾。城市的形式及道路系統呈不規則形狀。明初南京城的居民人數據洪武二十四年(1391)統計為47萬。城內外駐軍42個衛，約20萬人。
宮城位於鐘山西南，宮後以富貴山作為大內鎮山。宮前禦道兩側是各部及五軍都督府等中央機關的官署。禦道南出正陽門，門外東有天地壇，西有山川壇，是皇帝郊祀的地方。
城市居民市肆區集中在舊城，其中有大片新建的第宅，如：徐達宅（在大功坊，今瞻園路），常遇春宅（在常府街，今楊公井東），湯和宅（在城南信府街）等；還有各種手工業作坊和商店。市區主要街道兩旁是店鋪和買賣貨物的“官廊”，還有幾十處大小市場。在特定地點，由國傢建酒樓和供出租的“官廊”，對實現規劃所規定的商業區有引導和促進作用。這也影響到明代的北京城。
舊城北面雞籠山以南有全國最高學府國子監。國子監北面是祠廟區。再北，在雞籠山頂設有觀象臺。在雞籠山西側的黃泥岡上，建有鐘鼓樓，為報時之所。城西北部比較荒涼，主要供各衛駐軍之用。
城市對外交通主要依靠水運。城西北沿江一帶（今下關和三汊河）是交通和對外貿易的樞紐，設有龍江關、龍江市和接待外國商人的龍江驛。經長江而來的物資由三汊河溯秦淮而上，集中於西南部清涼、石城、三山、聚寶四門，所以這一帶建有許多倉庫、酒樓和客店。招待外國使臣的會同館和烏蠻驛，則在通濟門內靠近文武官署的地段。
朱元璋的陵墓──孝陵建於鐘山南麓獨龍阜，陵區包括鐘山南麓的大片地區。陵前設衛，駐軍護陵。徐達、常遇春等十二開國功臣墓依孝陵散建在鐘山西麓。孝陵東、北兩面大片土地是牧馬區。