按照國傢法規對各種動物及其產品進行的疫病檢查。通過動物檢疫，對可疑或已證實的疫病物件實行強制隔離，或作出適當處理，目的是防止動物傳染病的傳播，保障畜牧業生產和人民健康。
檢疫制度始行於15世紀時義大利的威尼斯港，被試用於防止鼠疫。17世紀末，歐洲各主要港口均設立瞭檢疫機構，檢疫對象也由人擴大到動物和植物。1857年，在巴黎召開的首次國際衛生會議對檢疫程式標準化作瞭初步討論。20世紀以來，獸醫學、醫藥和公共衛生學等有關學科科日益發展，交通和貿易日趨發達，動物檢疫的內容和方法也更臻完善。
動物檢疫可分進出口檢疫和國內檢疫兩大類。進出口檢疫指進口或出口的傢畜及其產品以及觀賞動物和野生動物等在到達國境界域時所受到的檢疫。進口檢疫的疾病對象，各國並不一致，並隨疫病發生情況而有所變化。一般的檢疫對象為國內尚未發生、而國外已經流行的“外國病”，為害較大而又難以防治的烈性傳染病和重要的人畜共患疾病等。除國傢規定和公佈的以外，國與國之間簽訂的有關協定或貿易合同中也可以規定某種畜禽傳染病作為檢疫對象。國內檢疫指在國內各省、市、縣或鄉鎮地區實行的檢疫。又可分為產地檢疫和運輸檢疫。前者如集市或牲畜市場檢疫，或產地收購檢疫，是在貿易過程中進行的，其作用在於避免屠宰病畜，或防止在中轉或運輸過程中由病畜散佈病原，造成原來非疫病地區的傳染；後者指交通運輸部門對托運的動物及其產品進行檢疫，查驗產地簽發的檢疫證書，準予或不準予托運，包括鐵路、公路、航空和港口檢疫等。國內檢疫的對象，除國傢統一規定者外，省、市農業部門還可從實際情況出發，補充規定某些傳染病作為本地區的檢疫對象，在省際公佈執行。此外，尚有國際郵包檢疫和過境檢疫等。檢疫手段主要有二：一是隔離觀察，根據臨床癥狀予以判斷；一是實驗室診斷。按照中國的有關規定，凡從國外輸入的動物及其產品，一般在簽訂進口合同前，可向對方提出檢疫要求，如在出口國集中檢疫時的觀察天數等。到達國境口岸後由國傢檢疫機構檢疫。輸出的動物及其產品由外貿部有關部門負責管理，對合格的發給“檢疫證明書”，準予輸出。