中華民國時期南京國民政府於1933年將故宮博物院保存的清代檔案自北平遷往上海、貴州、四川、南京的事件。1931年日本發動對中國東北地區的侵略戰爭，進而威逼榆關。南京國民政府行政院命令將故宮博物院所保存的古物、文獻全部撤移上海。1932年2月開始裝箱，1933年2月6日至5月22日分5批起運，月餘平安抵滬。共南運文物及檔案 13427箱又64包。故宮博物院文獻館保管的清宮檔案分別在前4批起運，計有內閣大庫紅本、史書、詔、敕，軍機處檔冊、折包、雜件、宮中檔硃批批奏折、引見履歷單，內務府奏稿、奏案、題稿、呈稿、事簡、檔簿等，清史館檔案，刑部檔案，以及實錄、聖訓、本紀、起居註、玉牒、冊寶、輿圖等，共3 773箱。
檔案遷移上海後，於原法租界內租賃兩處貨棧為庫房，設立故宮博物院駐滬辦事處管理。其間，多次清點，並重新調整瞭檔案次序，編制瞭箱號。1934年12月在南京朝天宮營建保存庫，並將明倫堂重加修繕，作為辦公處所。1936年12月將存滬之文物、檔案全部移存南京，並設故宮博物院南京分院，撤銷瞭駐京及駐滬兩辦事處。
1937年七七事變及八一三滬戰爆發後，國民政府又將南京所存文物及檔案西遷。分3 批起運：第一批80箱(內無檔案)，運往湖南長沙，轉運貴州貴陽、安順，最後運至四川巴縣；第二批9 315箱，其中檔案998箱，經由漢口轉運重慶；第三批7 286箱，其中檔案748箱，至陜西寶雞後轉運漢中褒城，又移成都，最後運至峨嵋。後兩批共運檔案1 746箱，其餘仍存南京。汪偽時期，南京留存之檔案先後移存北極閣、紫金山天文臺、中央研究院、東方中學、地質調查所等處。
1945年抗日戰爭勝利後，國民黨政府將轉移至四川巴縣、峨嵋、重慶3 處的文物及檔案集中重慶，1947年分由水、陸運回南京保存庫。1946年5月，原留存南京各處之文物及檔案亦清點完畢並移存保存庫。1949年國民黨政府將故宮博物院的文物和檔案2900餘箱攜往臺灣，其中清宮檔案195箱，包括清代各朝實錄、起居註冊、硃批奏折、錄副奏折、太平天國史料及清史館檔案等，現存臺北故宮博物院圖書文獻處。中華人民共和國建立後，人民政府成立瞭保管清代檔案的專業性檔案館，原存南京的清宮檔案分別於1950年、1953年、1958年和1962年分4 批運返北京，由中國第一歷史檔案館保管。