根據科學技術檔案內容性質的異同和形成過程的固有次序，按照一定體系對科技檔案進行分門別類的管理或組織檢索工具的工作。其關鍵是制定分類表，要求類目的設置要符合產生科技檔案單位的性質。劃分類或屬類的標準應當一致，同一種類的檔案，同一類別層次，隻能用一種分類標準，保證分類表條理明晰、層次清楚，符合檔案之間一定的邏輯聯繫。分類的層次，一般一個單位內部對檔案的分類不多於3～4層為宜。
科技檔案實體的分類目的是建立科技檔案館(室)庫藏藏秩序，其方法有以下幾種：①按產品型號分類是對工業生產中產品檔案的分類方法，比較適用於結構復雜、組成部分通用性小的工業產品檔案。②按工程項目分類是對基本建設檔案的分類方法，能夠集中反映一個基建工程的全貌。③按學科或專題分類是對科學技術研究檔案的分類方法。④按專業性質分類適用性較廣，工農業生產技術檔案、基本建設檔案、標準化和通用性強的一些科技檔案都可以采用。⑤按設備種類和型號分類是對設備儀器檔案進行分類的方法。⑥按區域的地理特征分類一般適用於水文檔案和地質檔案。⑦按時間先後次序分類適用於氣象觀測記錄等檔案。⑧按作者分類。在一些科研單位，對某些知名學者、高級科技人員的科研成果檔案采用這種方法。
組織科技檔案檢索的分類對象是科技檔案中的科學技術信息，目的是建立統一的檢索工具，形成一個專業系統、地區或全國科技檔案檢索網絡。在中國，科技檔案分類統一以《中國檔案分類法》為分類標引的標準。