中國明代中央檔案庫。專門收貯全國賦役檔案。建於明初，位於南京後湖(今玄武湖)中的群島上。洪武十四年(1381)明朝推行黃冊制度，下詔各府(州)、縣編造賦役黃冊，10年一次，每次 4套。佈政司、府(州)、縣各存一套，均青色封面，謂之青冊；上交中央戶部一套，黃色封面，謂之黃冊，每屆年終送後湖東西二庫庋藏。最初，島上隻建有庫房 9間，置冊架35座。隨著黃冊每10年一造，每次匯送戶部約 6萬餘冊，新舊並存，冊庫也每10年增建約30間，逐漸擴及舊洲、中洲、新洲各島。。萬歷三十年(1602)，冊庫約達667間，冊架2660餘座，收貯黃冊153萬餘冊。明末收貯黃冊多達179萬餘冊。為中國古代規模最大的檔案庫。
後湖黃冊庫初由戶部侍郎代管，明都北遷後，由南京戶科給事中一員和戶部廣西清吏司主事一員專管。洪武二十四年規定，每屆全國新冊匯送後湖之後，要委戶科給事中一員，監察禦史二員，戶部主事二員，督同監生以舊冊對比清查，厘校訛舛，並由管冊官匯總戶口、田土、稅糧總數，進呈禦覽。後湖黃冊庫平時設辦事吏30名，庫匠、抬冊夫、水夫、膳夫等百餘名，另由國子監調撥監生50名專司曬晾。每屆新冊入庫，新舊對比的“大查”之年，人員還要大量增加。送貯黃冊均按朝(年)先後和所屬區域分庫保存。庫房均東西向，前後有窗，以便通風日曬，冊架一律木制，不準用竹，以防蟲蛀。每年4～10月曬冊，其他月份不準曬晾。庫內禁絕燈火，湖內外防衛森嚴，每旬一、六開船過湖，平時與外界完全隔絕。對吏民查閱黃冊限制尤為嚴格，明令敢有私受財物、偷抄洗改後湖黃冊者，不分首從皆斬。
後湖黃冊庫匠役、監生工作勞苦。明中葉以後，由於王朝政治的腐敗和黃冊制度日趨廢弛，後湖黃冊庫也每況愈下，冊庫經費支絀，匠役工作怠惰，庫房不能及時修葺，黃冊不能按時曬晾，蟲蛀鼠咬，冊籍黴爛，損失嚴重。1644年明朝滅亡，後湖黃冊庫隨之消失，庫存黃冊也損毀殆盡。明正德年間(1506～1521)南京戶科給事中趙維賢為記述後湖黃冊庫事跡，輯有《後湖志》。
《後湖志》所載後湖黃冊庫示意圖